隅々まで探索されつくした世界に、唯一残された秘境の大穴『アビス』。どこまで続くとも知れない深く巨大なその縦穴には、奇妙奇怪な生物たちが生息し、今の人類では作りえない貴重な遺物が眠っている。「アビス」の不可思議に満ちた姿は人々を魅了し、冒険へと駆り立てた。そうして幾度も大穴に挑戦する冒険者たちは、次第に『探窟家』と呼ばれるようになっていった。アビスの縁に築かれた街『オース』に暮らす孤児のリコは、いつか母のような偉大な探窟家になり、アビスの謎を解き明かすことを夢見ていた。ある日、母・ライザの白笛が発見されたことをきっかけに、アビスの奥深くへ潜ることを決意するリコ。リコに拾われた記憶喪失のロボット・レグも自分の記憶を探しに一緒に行くことを決意する。深界四層でタマウガチの毒に苦しむリコ。リコを救ったのは成れ果てのナナチだった。ナナチを仲間に加え、ボンドルドの待つ深界五層へと三人は冒険を進める。そこで、プルシュカと名乗る女の子に出会い…

物語は、広島県広島市舟入本町（現在の広島市中区舟入本町）に住む国民学校2年生の主人公・中岡元（なかおか げん “以下、ゲン”）が、当時日本と交戦していたアメリカ軍により1945年8月6日に投下された原爆で、父・大吉（だいきち）、姉・英子（えいこ）、弟・進次（しんじ）の3人を亡くしながらも、たくましく生きる姿を描く。

舞台は1923年のドイツ（ワイマール共和国）にあるミュンヘン。この頃のドイツでは、第一次世界大戦敗戦後の、インフレに伴う貧困に喘ぎながら、それでも人々は懸命に生きていた。 アニメ最終話で錬金術世界から現実世界へと飛ばされたエドワードは18歳になり、元の世界に戻る為にロケット工学を研究していたが、先の見えない現実に焦燥していた。その頃、エドの同居人で「自らの手でロケットを作りたい」と夢見るアルフォンス・ハイデリヒは、パトロンを得て念願のロケット製作に着手する。しかしその裏には謎の組織・トゥーレ協会の陰謀が隠されていた。 あるとき、街で行われたカーニバルに来ていたエドワードは一人の女性に出会った。彼女の名は「ノーア」。彼女には、自分が触った相手の心の中や記憶を観る事ができるという不思議な力があった。彼女は「ジプシー」と呼ばれる被差別民族で、自分たちのことは「ロマ」と呼んでいた。そんな彼女と出会ったエドワードは、次第にドイツで起ころうとしている壮大な計画へと巻き込まれてゆく。そしてそれは同時に、錬金術世界の破滅の危機をも意味していた。 一方、アメストリスで13歳に成長したアルフォンスは兄を探す旅に出る。アルはエドとともに旅した4年間の記憶を失くしていたのだった。そして大切な思い出とともに、希望が時に予想だにしない悲劇を引き起こすことになるということも忘れていた。「兄さんに会いたい」その純粋な想いの果てに悲劇が待っているとは知らずに…。 引き裂かれた兄弟、シャンバラを求める者。門の鍵を為す者、様々な人間の思惑と欲望を孕んで物語の幕は再び上がる。

特殊能力を持つ、漫画家・岸辺露伴は、青年時代に淡い思いを抱いた女性からこの世で「最も黒い絵」の噂を聞く。それは最も黒く、そしてこの世で最も邪悪な絵だった。時は経ち、新作執筆の過程で、その絵がルーヴル美術館に所蔵されていることを知った露伴は取材とかつての微かな慕情のためにフランスを訪れる。しかし、不思議なことに美術館職員すら「黒い絵」の存在を知らず、データベースでヒットした保管場所は、今はもう使われていないはずの地下倉庫「Z-13倉庫」だった。そこで露伴は「黒い絵」が引き起こす恐ろしい出来事に対峙することとなる…

合唱部部長の岡聡実（おかさとみ）はヤクザの成田狂児（なりたきょうじ）に突然カラオケに誘われ、歌のレッスンを頼まれる。組のカラオケ大会で最下位になった者に待ち受ける“恐怖”を回避するため、何が何でも上達しなければならないというのだ。狂児の勝負曲はX JAPANの「紅」。聡実は、狂児に嫌々ながらも歌唱指導を行うのだが、いつしかふたりの関係には変化が・・・。聡実の運命や如何に？そして狂児は最下位を免れることができるのか？

全国屈指のエリートが集まる超名門・海帝高校に、“総理大臣になって自分の国を作る”という壮大な夢を持った1年生、帝一が首席で入学してくる。その夢を実現するためには生徒会長になることが絶対条件で、2年後の生徒会長選挙で優位に立つべく、帝一は今年度の立候補者3人のうち、有力と見られる氷室に付くことにする。1組のルーム長になった帝一は6組のルーム長・弾と友情を深めるが、ライバルである菊馬の妨害を受ける。

深夜24時まで営業する“エンパイア レコード”。そこには落ち目のアイドルにぞっこんなコリーや「コリーに告白する！」と宣言するA.J.など、超個性的な店員たちでいっぱい。そんななか、雇われ店長のジョーは消えた売上金のことで頭を悩ませていた。

少女は、純粋で残酷な怪物になるー19世紀後半の英国。裕福な商家に嫁いだ17歳のキャサリン。気難しい40歳の夫は彼女に興味がなく、体の関係を持たない。意地悪な舅からは外出を禁じられ、人里離れた屋敷で退屈な生活を送っていた。ある日、夫の留守中に若い使用人に誘惑され不倫関係となったキャサリン。抑え込まれていたものが解き放たれ、少女は欲望を満たすため、邪魔者を許さない純粋で残酷な怪物へと変貌していく。

願いを叶えるには、代償が必要。さあ、あなたの願いは？人の心の闇に寄り憑く“アヤカシ”が視える孤独な高校生・四月一日。その能力を消し去り、普通の生活を送りたいと願う四月一日は、ある日、一羽の蝶に導かれ、不思議な【ミセ】にたどり着く。妖しく美しい【ミセ】の女主人・侑子は、彼の願いを叶えるために、“いちばん大切なもの”を差し出すよう囁く。同級生の百目鬼やひまわりと日々を過ごし“大切なもの”を探す四月一日に、“アヤカシ”を操る女郎蜘蛛らの魔の手が伸びる。世界を闇に堕とそうとする彼らとの戦いに、侑子や仲間たちと共に挑んだ四月一日の運命は――。

東京で雑誌モデルを務める望月夏芽は、急に父親の郷里である浮雲町に転居することになる。彼女は都会とはかけ離れた田舎での地味な生活に幻滅してしまうが、長谷川航一朗と出会ったことで人生が一変する。彼は田舎町で有名な神主の一族の出身で、夏芽はひねくれ者で一風変わった航一朗に強く惹き付けられる。

いつもマスクで顔を隠している陰キャ男子高校生・佐山圭悟は、クラスのリア充・才川綴に無理矢理マスクを剥がされキレてしまう。 その日から、なぜか才川に気に入られてしまい、勉強を教わる見返りに「マスクの下を好きにさせる」ことに……