Hong Kong, 1962. Un home i una dona, ambdós casats, queden sovint, ja que les seves respectives parelles viatgen molt per qüestions de feina. Un dia han de fer front a uns fets extremadament dolorosos.

Han passat tres anys i Batô segueix a la Secció 9. El record de la comandant Kusanagi no l'abandona. Ara ha d'investigar el cas d'una robot femenina destinada al plaer, que ha assassinat el seu propietari.

Era escriptor i pensava que escrivia sobre el futur, però realment escrivia sobre el passat. En la seva novel·la, un misteriós tren sortia de tant en tant cap a l’any 2046. Tots els que anaven en ell tenien la mateixa intenció: recuperar la seva memòria perduda. Es deia que en el 2046 res canviaria. Ningú sabia del cert si era veritat, perquè cap dels que van anar va tornar mai. Excepte un... Va estar allí. Va elegir marxar. Volia canviar.

Tot l'equip de l'inspector Wing, de la policia de Hong Kong, ha estat assassinat per la banda de Joe. Wing es converteix en un borratxo enfonsat que se sent culpable per la mort dels amics. Però un oficial novell traurà Wing del pou i tots dos començaran l'aventura per venjar-se de Joe i de la seva banda de "Els Cinc".