町の誕生100周年記念祭に沸き立つ小さな港町アントニオ・ベイ。だが、突如現れた濃霧が街を覆い、それに呼応するように、殺害直後にもかかわらず遺体が腐敗するという謎の殺人事件が発生する。100年前に町を作り上げたとして称えられた4人の功労者は、契約のために訪れた富豪の乗った船を座礁させ、乗組員もろとも皆殺しにして船に積んであった多額の財産を奪っていたのだった。殺害された富豪たちは怨霊となり、100年の時を越えて霧とともに襲来し、4人の功労者の子孫たちへ復讐を開始したのであった。功労者の一人を曾祖父に持つ地元ラジオ局のDJ、スティービーは真相を知り、100年周年記念祭で惨事が起きることを防ぐため避難を呼びかけるが、霧は既に町の大半を覆い始めていた。

時は２３世紀。処女航海中のＢ型エンタープライズ号に救難信号が入り、かつてのエンタープライズの艦長、カーク提督の助力を得て、救助活動を開始。ところがアクシデントにより、艦の一部が消滅してしまう。７８年後、ピカード率いる最新鋭エンタープライズは救難信号を受け、現場に急行。そこで彼らが救出したのは、７８年前の事故の生存者ソランだった。ピカードは事故の調査を開始するが、突然クリンゴン帝国の攻撃船が現れる。

誘拐された息子を追って奔走する元情報部員。それは、息子の持つテレキネシス能力に目をつけたスパイ組織の仕業だった。研究所に通う超能力少女の助けを得て、息子の消息に迫るのだが…。

2028年のロサンゼルス。高額な会費を支払うことが可能な犯罪者だけが利用できる、ホテル兼会員制闇病院「ホテル・アルテミス」に、銀行強盗を犯し、致命傷を負った兄弟がその病院を訪れた。これがきっかけで、病院は開業以来最悪の事態を迎えることになる。

第二次世界大戦最中の1940年、アメリカ軍潜水艦タイガー・シャークは大西洋海域を航海中、ドイツ軍潜水艦Uボートに撃沈されたイギリス病院船の生存者3名を救助する。そのうちの一人は看護婦のクレアという女性だった。この時代、“女性は潜水艦に不吉な災いをもたらす”と信じられていたことから、艦内に戦慄が走る。やがて、敵艦をやり過ごすため静まりかえっていた艦内で突如レコードが鳴り響いたり、不気味な囁き声が聞こえるなどの不可解な現象が起こり始めた。更にドイツ軍からの攻撃も激しさを増していき、乗組員は精神的にも追い詰められていく。

「なあ、おれと駆け落ちしないか？」幼なじみボーイフレンド・斉藤秀一からのとつぜんの告白に戸惑う五島桐絵。最近、秀一は何かに怯えているかのように元気がなく、桐絵はずっと心配していた。やがて、桐絵の通う高校の生徒が、らせん階段から飛び降りて死んだ事件をきっかけに、秀一はおぞましいことを口にする。二人の暮らす黒渦町が得たいの知れない”うずまき”の力に取り憑かれているというのだ。その後、秀一の父・敏夫までが謎の死を遂げると、二人の周囲に禍々しく、怪奇なうずまき現象が次々と巻き起こりはじめる。