El 1920, al Lower East Side, el barri jueu de Nova York, Noodles fa alguns robatoris amb els seus companys Cocky, Patsy i Dominic. Arriba un cinquè col.lega, Max, el més decidit i que aviat serà el cap de la banda. Durant una baralla amb la banda rival, Noodles venja l'assassinat de Cocky matant el cap de la banda i és empresonat. El 1930, Noodles surt de la presó i l'acullen els seus amics, que han prosperat gràcies a la prohibició. Quan s'aboleix la llei seca, Max té nous projectes i per aconseguir diners planeja robar el Banc de l'Estat. Espantat per aquesta idea, Noodles denuncia els seus amics. La policia els mata i Noodles, trasbalsat, es refugia en un fumador d'opi. El 1968, Noodles, envellit, acudeix a una misteriosa convocatòria i retroba els llocs de la seva infantesa. Acaba descobrint que Max encara és viu i que, portat per la seva ambició, sempre ha enganyat a tothom.
Mentre els constructors del ferrocarril avancen imparables pel desert d'Arizona en el camí cap al mar, Jill arriba al petit poble de Flagstone amb la intenció de començar una nova vida.
C.C. Baxter és un modest però ambiciós empleat d'una companyia d'assegurances de Manhattan. Està solter i viu només en un discret apartament que presta ocasionalment els seus superiors per a les cites amoroses. Té l'esperança que aquests favors us serveixin per millorar la vostra posició a l'empresa. Però la situació canvia quan s'enamora d'una ascensorista que resulta ser l'amant d'un dels caps que utilitzen el seu apartament.
En Harry i la seva mare tenen somnis molt diferents: ella està permanentment a dieta esperant el dia en què podrà participar al seu concurs televisiu preferit; l’ambició d’en Harry i la seva xicota Marion és fer-se rics venent droga i utilitzar els guanys per obrir un negoci propi, però mai tenen prou diners per fer-ho. Tot i així, en Harry i la Marion no es resignen i faran l’inimaginable per aconseguir la vida que anhelen.
El 1987, a Minnesota, Jerry, un venedor de cotxes, té greus dificultats econòmiques. Necessita tan desesperadament els diners que encarrega a dos sicaris que segrestin la seva dona. Jerry pretén cobrar el rescat a l'acabalat pare d'ella, i després pagar els raptors i saldar els deutes amb la resta de diners. Però el pla es complica quan els sicaris maten un policia i dos transeünts.
Any 1975. Jimmy, Dave i Sean són tres nens que passen la seva infantesa jugant als carrers d'un barri conflictiu de Boston. Un dia, uns homes en un cotxe s'emporten Dave, que patirà abusos sexuals durant uns quants dies. Aquest fet marcarà el futur dels nois. Vint-i-cinc anys més tard, els tres amics es retroben a causa d'una tragèdia: la filla adolescent de Jimmy ha estat assassinada. Sean és policia i investiga el cas. Dave, perseguit encara pel trauma infantil sofert, resultarà ser el principal sospitós del crim.
Com canvia un home el món? És una pregunta que obsessiona Bruce Wayne igual que el fantasma dels seus pares, morts a trets davant dels seus ulls als carrers de Gotham una nit que va canviar la seva vida per sempre. Turmentat per la culpa i la ira, el desil·lusionat hereu industrial desapareix de Gotham i viatja en secret pel món, buscant els mitjans de lluitar contra la injustícia i utilitzar la por contra els que s'aprofiten dels que tenen por. Amb l'ajuda del seu lleial majordom Alfred, el detectiu Jim Gordon - un dels pocs bons policies de les forces de l'ordre públic de Gotham - i Lucius Fox, el seu aliat a la divisió de Ciències Aplicades de Wayne Enterprises, Bruce Wayne allibera el seu imponent alter ego: Batman, un justicier emmascarat que utilitza la força, la intel·ligència i un desplegament d'artefactes d'alta tecnologia per combatre les forces sinistres que amenacen de destruir la ciutat.
La pel·lícula consta de nou trames paral·leles que tenen lloc a la Vall de San Fernando, a Los Angeles: un nen prodigi, el presentador d'un concurs de televisió, un exnen prodigi, un moribund, el seu fill perdut, la dona i el infermer del moribund. Són històries aparentment independents, però que guarden entre si una relació estranya. Magnolia és el retrat de la vida americana vist a través d'una sèrie de vinyetes còmiques i commovedores.
La mort imminent de l'ancià patriarca d'una acomodada família del Sud desencadena terribles tensions entre els seus hereus. Un dels seus fills, Brick, indecís i apàtic, es refugia a l'alcohol i es mostra completament indiferent davant la situació, però Maggie, la seva dona, no està disposada a contemplar impassible la seva destrucció. L'altre, Gooper, com la seva dona, és ambiciós i oportunista.
Berlín, octubre del 1989. Uns dies abans de la caiguda del Mur, la mare d'Alex, una dona orgullosa de les seves idees comunistes, entra en coma. Quan desperta vuit mesos després, el seu fill farà el possible i l'impossible perquè no sàpiga que està vivint en una Alemanya reunificada i capitalista. El seu objectiu és convertir l'apartament familiar en una illa ancorada en el passat, una mena de museu del socialisme on la seva mare visqui còmodament creient que res no ha canviat.
Michel Poiccard és un ex-figurador de cinema admirador de Bogart. Després de robar un cotxe a Marsella per anar a París, mata fortuïtament un motorista de la policia. Sense cap remordiment pel que acaba de fer, prossegueix el viatge. A París, després de robar diners a una amiga, busca Patricia, una jove burgesa americana, que aspira a ser escriptora i ven el New York Herald Tribune pels Camps Elisis; somia també matricular-se a la Sorbona i escriure algun dia en aquest diari. A Europa creu haver trobat la llibertat que no va conèixer a Amèrica. El que Michel ignora és que la policia ho està buscant per la mort del motorista.
Històries independents a través de les quals Jim Jarmusch presenta el panorama nocturn de cinc grans ciutats (Los Angeles, Nova York, París, Roma i Hèlsinki), amb un taxi, i el que en ell hi passa des del vespre fins a la matinada d'un mateix dia.
Paul Javal, un dramaturg francès, accepta reescriure algunes escenes per a "L'Odissea", una pel·lícula que es rodarà a Capri sota la direcció del reconegut director alemany Fritz Lang. En una primera trobada amb el productor nord-americà, l'arrogant Prokosch, l'escriptor deixa que la seva dona, la bella Camille, se'n vagi al cotxe amb el productor a la finca d'aquest. Aquest fet donarà peu a un greu malentès entre el Javal i la seva dona, que creu que l'ha ofert com a moneda de canvi per obtenir un millor sou. Com a conseqüència d'aquesta situació, l'escriptor es veurà immers en una dolorosa crisi matrimonial.
Després de passar el pitjor dia de la seva vida, el descontent reporter de televisió Bruce Nolan aconsegueix un poder diví, ja que recrimina a Déu que no té ni idea de com està portant "l'assumpte". Davant aquest desafiament, Déu decideix donar-li tots els seus poders per veure si és capaç de fer-ho millor que Ell.