第二次大戦末期、ドイツから極秘裏に運ばれた一つの秘密兵器があった。それは人造人間“フランケンシュタインの不死の心臓”である。日本軍はこの心臓をもとに、人間兵器を造ろうとしたのだ。だがそれは、広島の原爆によって研究途上で失われてしまう。そして十数年後、その心臓から再生した少年が登場したのだった……。

ひとつの細胞から生まれた兄弟怪獣、海の怪獣・ガイラと山の怪獣・サンダ。それぞれ善と悪の属性を持ち、性格の異なる2匹はやがて都市で死闘を演じることに。

ゴジラシリーズ第7作。行方不明の兄を探す少年、大学生２人、銀行強盗ら４人が乗りあわせたヨットが、エビラの襲撃を受けて遭難。南海の孤島レッチ島に漂着する。彼らはそこで、インファント島の住人を拉致し、核弾頭を秘密裏に造る秘密結社・赤イ竹の存在を知る。彼らはレッチ島に眠っていたゴジラを覚醒させて、インファント島の島民たちの救出と、島からの脱出を画策するが…。