心を閉ざした少女杏奈は、ぜんそくの療養を目的に親戚が生活している海沿いの村にやって来た。そんなある日、彼女の前に誰もいない屋敷の青い窓に閉じ込められた、きれいなブロンドの少女マーニーが姿を見せる。その出会い以来、杏奈の身の回りでは立て続けに奇妙な出来事が起きるようになるが、それは二人だけの秘密だった。

シャカ国の王子という恵まれた身分を捨て、片目のデーパ、未来を見渡す力を持った少年アッサジと旅を続けるシッダールタ。苦行林へとたどり着いたシッダールタは、そこで遭遇した飢えたオオカミ一家のために自らの肉体を差し出して死んでいくアッサジの壮絶な姿を目の当たりにする。それを機に過酷を極めた苦行に打ち込むシッダールタは、もうろうとした意識のもとで自然や魂の大いなるつながりに気付いていく。そんな中、ルリ王子が率いるコーサラ国の侵攻を受けてシャカ国が壊滅してしまったのを知る。

「未来、たぶん日本。“ロボット”が実用化されて久しく、“人間型ロボット”（アンドロイド）が実用化されて間もない時代。」 高校生のリクオは、所有するハウスロイド「サミィ」の行動記録の中に、命令した覚えのない行動を発見する。友人のマサキを誘って記録された場所に向かってみると、そこには「イヴの時間」という不思議な喫茶店があった。 そこに集う様々な人間やアンドロイド達との関わりの中で、それぞれが少しずつ影響を及ぼしあい、変わっていく。やがてそれは、外の世界へもかすかな、しかし確実に波紋を広げることとなる。

高校1年生の東ゆうは“絶対にアイドルになる”ために、自らに「4箇条」を課して高校生活を送っている。その裏には、「東西南北の美少女を集めてアイドルグループを結成する」という野望があった。 西テクノ工業高等専門学校2年生で、高専ロボコン優勝を目指す“西の星”大河くるみ。 聖南テネリタス女学院2年生で、お蝶夫人に憧れる“南の星“華鳥蘭子。 城州北高校1年生で、ボランティア活動に勤しむ“北の星”亀井美嘉。ゆうの計画を知り協力する男子高校生・工藤真司のサポートもあり、 ゆうは3人の美少女と友達になる。

天空闘技場で開催されるフロアマスターによる戦い「バトルオリンピア」。その大会にズシが参加することでウィングに招待されたゴンとキルアは、ゲスト来場していたネテロ会長と再会を果たす。しかし大会開催直前、謎の秘密組織「影（かげ）」に天空闘技場を占拠され、不意をつかれたネテロ会長は「怨」によって念を封じられてしまう。 会長の救出に向かうゴンとキルアだが、「影」のメンバーや彼らによって怨能力を与えられたフロアマスターたちが立ち塞がる。果たしてゴンたちは「影」を打ち破り、ネテロ会長を救出できるのか。そして、「影」を率いる隊長・ジェドとネテロ会長との因縁とは…。

宝石店に怪盗キッドが現われ、コナンが追い詰めるも取り逃がしてしまう。だがコナンはいつものキッドと違う手口から、その正体がルパン三世の変装だったことを見抜く。そんな折、人気歌手エミリオが来日したというニュースが報じられるが、コナンは映像の中にルパン一味の次元大介の姿を見つけ、事件を予見する。やがてルパンから警察に宛て、米花町の銀行の金庫に眠る秘宝・チェリーサファイアをいただくという予告が届き……。

舞台は19世紀のイギリス。科学技術が目覚しい発展を遂げていた時代。マンチェスターに住むレイは、オハラ財団に出向したため渡米している発明家の祖父ロイドと父エドワードと同じく、発明が好きな少年だった。

樹老長さんの森で、のろい屋を営む魔女の姉妹。のろい屋では、姉のヨヨさんと妹のネネちゃんが魔法や呪いに関する人々の悩みの依頼を日々解決しているのだが…。

冴羽獠は裏社会ナンバーワンの実力を持つ始末屋（スイーパー）“シティーハンター”。 新宿を拠点にパートナーの槇村香と様々な依頼を受けている。 新たな依頼人は動画制作者・アンジー。その依頼は…何と逃げた猫探し！ 獠はアンジーの美貌に、香は高額の報酬に胸を躍らせる。 警視庁の野上冴子は海坊主と美樹の協力を得てバイオ企業ゾルティック社の発明について捜査する。 それは謎の組織の依頼で作られた戦場の兵士を超人化する闇のテクノロジーで、かつて獠を蝕み、パートナー槇村秀幸を死に追いやった「エンジェルダスト」の最新型だった。 猫探しに奔走する中、アンジーの命が狙われる。 依頼の真意を語ろうとしないアンジーは動画に映る獠を見つめ、ひとり呟く。 「これがあなたの『最高傑作』なのですか？」 「エンジェルダスト」を求めて現れる暗殺者たち。 壮絶な戦いに巻き込まれていく獠たちを遠く見つめる男。 それは獠の育ての親・海原神―― 海原がその銃口を定める時、宿命の対決が始まる！

　2095年、ニューヨーク。人間とミュータント、エイリアンがいびつに共存する混沌の世界。 ピラミッド型巨大飛行物体の突然の出現と時を同じくして、街では人体改造を施した人間だけが犠牲となる連続猟奇事件が発生、記憶喪失の美少女ジルが治安部隊に保護される。彼女の身柄を引き取った女医エルマ・ターナー博士は、彼女の体構造が人間とはかけ離れたものであると発見する。 　またその頃、30年前に政治犯として捕らえられていた男、革命の思想的リーダー・ニコポルが、事故により冷凍保存から蘇る。一方ピラミッドの中では、鷹の頭にヒトの体を持つ神ホルスが、反逆罪で神々から死刑を宣告される。彼は残された7日間の猶予の間に、ある目的のためにヒトへと憑依し地上へ転生する。彼が選んだのは、ニコポルの体だった。 　ホルスによって引き合わされた2人は次第に惹かれ合い、孤独なジルはニコポルを通して愛とは何かを学んでいく。 　だが2人の知らない所で、彼らを追う別の勢力が動き始めていた……。