En un règim totalitari d'una societat futura, s'ha aconseguit eliminar la guerra a base de suprimir totes les emocions i qualsevol cosa que les provoquin. Llibres, art i música estan estrictament prohibits, i els sentiments es consideren crims que comporten la pena de mort. Clerick John Preston és un agent del govern la missió del qual consisteix a executar als que desobeeixin aquestes regles. Tanmateix, en un moment determinat, comença a preguntar-se si té emocions i sentiments i si val la pena viure reprimint-los.

Prop d'un petit poble dels Estats Units cau el que sembla un meteorit. Tothom corre a investigar l'esdeveniment, fins que descobreixen que l'objecte no era el que semblava. Del meteorit emergeix una mena d'ull que comença a disparar un raig que acaba amb tot aquell que s'encreuï en el seu camí. És una nau marciana, que junt amb moltes altres, ha arribat a la Terra per conquerir-la. La invasió aquesta prenent lloc al llarg de tot el planeta i ni la bomba atòmica pot detenir-los. La humanitat està perduda...

La Humanitat és amenaçada pels Drej. L'assalt a la Terra és imminent i l'èxode comença per a milions d'éssers humans.

Després d'aconseguir escapar amb Newt i Bishop d'un planeta alienígena, la tinent Ellen Ripley (Sigourney Weaver) recala accidentalment a Fiorna 161, una remota presó galàctica els perillosos reclusos de la qual estan absolutament abandonats a la seva sort.

Alice (Milla Jovovich) i la resta de supervivents de la catàstrofe de Raccoon es disposen a creuar el desert de Nevada amb l'esperança d'arribar a Alaska abans que la Corporació Umbrella els atrapi.

Més de dos-cents anys després de la seva mort, Ripley (Sigourney Weaver) torna a la vida gràcies a l'ús de tècniques avançades de clonatge. Però, durant el procés, l'ADN de Ripley s'ha barrejat amb el de la Reina Alien, per la qual cosa Ripley comença a desenvolupar certes característiques de la perillosa alienígena.

Robert Neville, l'únic supervivent d'una apocalíptica guerra amb armes biològiques, és perseguit per un grup de mutants que el veuen com a símbol de la ciència i del món antic. Neville, amb l'ajuda de multitud d'enginys, intentarà posar fi a aquests monstres nocturns.

Han passat set anys, i en Brennick, juntament amb la resta dels rebels han estat capturats i enviats a una presó encara més sofisticada, a l'espai exterior.