De film gaat verder waar Evangelion 1.0 stopte: de paramilitaire organisatie NERV verdedigt de wereld tegen de terugkeer van de Angels, maar de voortdurende oorlog begint zijn tol te heffen. Shinji Ikari's relatief plezierige leventje krijgt een wending als een nieuwe groep Evangelion pilots, waarbij de roodharige Asuka Langley Shikinami, hem en Rei Ayanami komen bijstaan.
Wanneer een buitenaards ruimteschip op mysterieuze wijze op aarde landt is deze eer weggelegd voor de tuin van de bejaarde Milton. Samen met enkele buurtbewoners uit zijn dorpje in Pennsylvania poogt Milton de onverwachtse gast te helpen om zijn weg naar huis terug te vinden. Intussen groeit een innige vriendschap tussen de dorpelingen.
Goku, Gohan, Krillin en Oolongs kampeeruitje wordt wreed verstoord wanneer drie onbekenden hen aanvallen en proberen te vermoorden. Deze drie onbekenden blijken de 'Armor Squadron' te zijn, die door de kwaadaardige Cooler naar de Aarde zijn gestuurd.
Astronauten Glenn en Fuji onderzoeken Planeet X en ontmoeten mysterieuze buitenaardse wezens die bekend staan als de Xiliens, die de mensen op aarde vragen om hun wereld te redden van 'Monster Zero'. In ruil voor het lenen van Godzilla en Rodan bieden de Xiliens een geneesmiddel tegen kanker aan. Terwijl Glenn onderzoek doet, ontwikkelt hij een romance met juffrouw Namikawa en ontdekt hij de ware bedoelingen van de Xilien.
Vijf twintigers besluiten om een weekendje in een afgelegen hut te spenderen, midden in het bos. Al gauw wordt duidelijk dat de vijf - drie mannen, twee vrouwen - meer op hun bord krijgen dan een idyllisch uitje alleen. Het oplezen van een spreuk uit een dagboek leidt tot dood en verderf, en allerlei bizarre gevolgen van dien.
Een ruimteschip landt op de aarde en wordt meteen in beslag genomen door de Amerikaanse overheid. De piloot van het schip, een kat, weet te ontsnappen, en kan door middel van zijn halsband communiceren met de mensen. De kat slaagt erin Frank Wilson te overtuigen om hem te helpen zodat hij weer terug naar zijn planeet kan.
De onorthodoxe politieagent Jack Caine bindt de strijd aan met een intergalactische drugsdealer. De dealer spuit mensen in met een overdosis heroïne en zuigt vervolgens endorfine uit de hersenen. De endorfine is op zijn planeet een waardevolle en illegale drug. Jack wordt gedwongen samen te werken met FBI agent Laurence Smith. Hij en Smith zijn echter niet de enigen die achter de drugsdealer aanzitten.
Een familie wordt de trotste eigenaar van een nieuwe TV-satelliet-ontvanger. Op een dag ontvangen ze signalen van een andere planeet. Het blijkt dat diens bewoners hun afval dumpen door om te zetten in energie en via signalen naar de Aarde te sturen. In het signaal dat naar de familie is verstuurd blijkt een hongerig energiemonster te zitten...
De befaamde dodelijke Leprechaun heeft zijn zinnen gezet op een buitenaardse prinses Hij wil met haar trouwen, zodat hij koning kan worden. Een groep Amerikaanse mariniers weet hem te stoppen en de prinses mee te nemen naar hun ruimteschip, waar ze wordt verzorgd door een gestoorde wetenschapper. De Leprechaun is hier alles behalve gelukkig mee en wil de prinses koste wat kost terugkrijgen.
Het Nationaal Laboratorium in St. Louis. Een experiment met de deeltjesversneller gaat gruwelijk mis en leidt tot de formatie van een zwart gat hier op aarde. Natuurkundige Eric Bryce wordt door zijn collega en ex-vriendin Shannon Muir erbij gehaald om de situatie op te lossen. Wat ze niet weten is dat er ook een wezen door het gat is gekomen, dat al uit het laboratorium is ontsnapt en nu door de stad zwerft en zich voedt met de elektriciteit op het eiland. De enige manier om de stad (en de rest van de wereld) te redden is om het wezen terug in het zwarte gat te dwingen en ze op die manier dan samen naar een ander deel van het heelal te sturen.
Nadat een man dood wordt aangetroffen, ontvangen vijf verschillende mensen, onder wie drie geleerden, een verslaggever en de broer van de overledene, een envelop met daarin details over een naderende invasie van een buitenaardse levensvorm. Voordat men weet wat er eigenlijk aan de hand is, blijken er nog drie van hen in leven te zijn. Er ontstaat een race tegen de klok om de ophanden zijnde invasie een halt toe te roepen.
Een beginnend overheidsagent probeert zijn eerste UFO op te sporen om het respect van zijn collega-agenten te verdienen.