モンスターズ株式会社は、住民全員がモンスターのモンスター・シティと呼ばれる町にあった。サリーと相棒のマイクら社員は毎晩町のエネルギー源である子どもたちの悲鳴を収集するために人間界へと出向いていたが、ある日、幼い女の子ブーが迷い込んで来る。何より人間の子どもに恐怖を抱いていたモンスターたちは、パニックに陥り……。

第二次大戦下、スイス国境近くにあるドイツ軍の第１７捕虜収容所。米空軍の軍曹ばかりが集められた第４キャンプでは、地下通路を掘る脱走計画が極秘裏に着々と進行していた。そしてクリスマス直前のある夜、ついに２人の捕虜が脱走を試みる。しかし、情報が事前に洩れたのか、待ち伏せにあった彼らは射殺されてしまう。どうやら仲間内にスパイがいるらしいと囁かれ、何事にも抜け目なく立ち回るセフトンが真っ先に疑われる。

ニューヨークのしがない泥棒ハリー・ロックハート。ある時、警察に追われていて思わず逃げ込んだのは、ハリウッド映画のオーディション会場。俳優に間違われたハリーはオーディションをパスし、探偵役のスクリーンテストのためにロサンジェルスへ。彼はそこで役作りのため、通称“ゲイ”と呼ばれている本物の私立探偵ペリーに弟子入りすることに。一方でハリーは、女優を夢みてハリウッドへやって来た幼なじみハーモニーと再会する。やがてハリーとペリーは奇怪な事件に遭遇。さらに、ハーモニーの妹も謎の自殺を遂げ、事態は混沌の度を深めていく…。

クリスマスイブの夜。サンタの存在など信じないと思い始めた少年だが、ベッドの中でトナカイの鈴の音が聞こえないかと耳をすます。真夜中近く、鈴の代わりに汽車の走る音が聞こえてくる。驚いた少年が窓を見ると、家の前に大きな蒸気機関車が走り込んでくる。玄関を飛び出した少年に、車掌はそれが北極行きの急行“ポーラー・エクスプレス”だと告げ、乗らないかと誘う。戸惑う少年だが、やがて動き始めた列車につい飛び乗る。