El Superagent 86 és un agent secret maldestre i despistat que pertany a l'agència d'intel·ligència governamental, que lluita contra les forces del mal. Ell i la seva companya inseparable, l'agent 99, s'enfrontaran a uns malvats rivals, l'agència K.A.O.S.

G. I. Joe és el nom en clau d'una força especial altament entrenada la missió fonamental de la qual és defensar la llibertat humana i la pau mundial. Els valerosos Joes són homes i dones de coratge, amos duna barreja dinàmica de talents especials, personalitat i ingenuïtat. Dotats d'algunes de les armes més sofisticades que es puguin concebre, aquests individus constitueixen la força més formidable de combat del món.

Un grup de marines nord-americans són enviats a rescatar un marine nord-americà i un capità filipí capturats mentre impedeixen que un grup de rebels locals recolzats per Al-Qaeda llanci armes biològiques.