チャイナタウンの骨董屋で発明家ペルツァーが手に入れた不思議な動物モグワイ。彼はそれを息子ビリーへクリスマス・プレゼントとして贈るが、モグワイには、水に濡らさないこと、太陽光線に当てないこと、真夜中すぎにエサを与えないことの三つの誓いが必要だった。だが、この誓いが破られた時、可愛いモグワイは恐るべき凶悪な怪物グレムリンへと増殖していく。かくして平和な田舎町キングストン・フォールズは悪夢のクリスマスを迎えることになるのだ。

前作の主人公ビリーと恋人ケイトは二人そろってニューヨークで新生活を送っていた。大富豪クランプの所有するクランプ・センターがその働き口だったが、ビリーはそこで、チャイナタウン再開発のために発見されたモグワイと再会する。しかしまたしても偶然と失敗が折り重なってモグワイの体からグレムリンが発生、しかも今度はセンターの研究所で開発中のバイオ・テクノロジーと融合、新種のグレムリンが大量発生してしまうのだ。

23歳のモリーは、創業113年を誇る“マゴリアムおじさんの不思議なおもちゃ屋”の雇われ支配人。そこは愉快なマゴリアムおじさんの魔法でおもちゃたちが命を吹き込まれたように動き回り、子どもたちを楽しませる、すばらしい店だった。そんなある日、243歳を迎えたマゴリアムおじさんが突然引退を宣言し、後継者にモリーを指名する。だが代替わりに不満を抱いたおもちゃたちや店そのものが反抗を始め、モリーは戸惑う。