クリスマスイブの日。ジェリーが住む劇場で開催されていたバレエ「くるみ割り人形」を見たジェリーと仔ネズミのニブルスは、自分たちも踊ることを夢見る。するとクリスマスの奇跡が起こり、その夢が実現。空っぽの舞台はおもちゃの国に変わり、ジェリーはオモチャの国の王様役に変身、バレリーナ人形と踊る。 ところがそこにトムたち野良猫が乱入し、彼らを率いる猫のボスが王国を乗っ取ってしまう。 こうなったらオモチャたちの作者「トイメーカー」に助けてもらうしかないとジェリーは彼に会いに旅立つ。仲間の顔ぶれは本物のオモチャになりたいオーナメントのポーリー、気の小さい木馬のネリー。ところが、猫の王様はトム率いる猫の兵隊たちを追っ手に放つ。果たして、ジェリーはトイメーカーの元にたどり着き、王国と捕らわれのバレリーナを救出できるか。

いつものように追いかけっこをしていたトムとジェリーは、間違って火星行きのロケットに乗り込んでしまい、地球を飛び出してしまう。宇宙船の乗船員ビフ＆バズは臆病者で、火星に着いたと思ったらすぐに地球にとんぼ返り。なんとトムとジェリーは火星に取り残され、火星人に見つかってしまう。ピンチに追い込まれた2匹は、火星人の女の子ピープの助けで何とか逃げ出すが…。

キュートな外見とは裏腹にエリートスパイとして活躍するペンギンズは秘密の潜入捜査中、かつて動物園で彼らに人気を奪われたことを恨むタコのデーブに誘拐される。デーブが人間の姿をしたオクト博士に姿を変え、世界中のペンギンへの復讐（ふくしゅう）を計画していることを知ったペンギンズは、スパイ軍団「ノース・ウィンド」と手を組み邪悪な陰謀に立ち向かう。