Geanimeerde kleischilderijen vertellen het waargebeurde verhaal van het laatste huis op een zinkend eiland in de Chesapeake Bay, een grote en belangrijke riviermonding en waterweg in Maryland, aan de oostkust van de Verenigde Staten. In een Old-Time Music-ballad zingt het huis over zijn leven en de wezens die het heeft beschermd tijdens zijn levenslange reis van boom, naar hout, naar huis, naar een ultieme terugkeer naar de natuur. Het overweegt de tijd, veranderingen in het milieu en de opkomst van de zeeën.
Lilo is een bijzonder 5-jarig meisje uit Hawaï: ze is geobsedeerd door alles wat het leven en andere mensen hebben afgedankt. Ondertussen, op een planeet ver bij haar vandaan, hebben de buitenaardse autoriteiten één van de gevaarlijkste criminelen gevangen genomen. Ze sturen hem met een raket naar een gevangenisplaneet. Deze crimineel is Stitch en hij komt op Aarde terecht. Daar sluit hij een vriendschap met de eenzame Lilo.
Mensen doorlopen hun dagelijkse leven samen met hun Pokémon door de stad terwijl ze allemaal proberen thuis te komen om zich te herenigen met hun familie voor het nieuwe jaar.