På en varm dag i 1961 giver en madagaskisk dreng, den unge David Attenborough nogle stykker af en stor æggeskal fundet på en sandet flodbred. De tilhørte den største fugl, der nogensinde har levet, den halvt ton uddøde elefant fugl Aepyornis.

Ørnen fra Madagaskar foregår i det 16. århundrede og har Errol Flynn i hovedrollen som en britisk marineofficer, der uretmæssigt er blevet dømt for at desertere. Han undslipper og slår pjalterne sammen med Anthony Quinns piratslæng, hvor han og Quinn kappes om den glamourøse piratdronning Maureen O’Haras gunst. O’Hara bliver rasende på Flynn, da han redder en smuk araberprinsesse (Alice Kelley) ud af kløerne på en flok slavehandlere, men hun kommer alligevel Flynn til undsætning, da Quinn efterlader ham til sin egen skæbne. Flynn og O’Hara slår sig sammen om at forpurre Quinns onde planer, og de finder ud af, at Flynns “forbrydelse” var udtænkt af den britiske regering for at stoppe pirateriet på Madagaskar.