その名を聞くだけで誰もが震え上がるアズカバン刑務所。そこには史上最強の凶悪犯と言われるシリウス・ブラックが収監されていた。ところが彼は脱獄し、しかもハリーの命を狙っているという……。

両親の死後、親戚の家に預けられたハリー・ポッター少年。そこでは階段下の物置部屋をあてがわれ、何かとこき使われる毎日。そんなある日、ハリーの11歳の誕生日に一通の手紙が届いた。中身はなんと、魔法魔術学校の入学許可証だった。実は、ハリーの両親は優秀な魔法使いだったのだ。手紙に導かれるままホグワーツ魔法魔術学校にたどり着いたハリーは、さっそく魔法使いになるための勉強を始める。ロンとハーマイオニーという友達もでき、楽しい毎日を送るハリーだったが、やがて学校に隠された驚くべき秘密に気づくのだった……。

ホグワーツ魔法魔術学校の4年生になったハリー・ポッター。今年ホグワーツで伝説の“三大魔法学校対抗試合”が行われることになり、他校の生徒たちが大挙してやってきた。

ヴォルデモート卿の支配力が強大になっていくなか、ハリーとダンブルドア校長は、ヴォルデモートの防御を解く手がかりを探るため、極めて重要な情報を握っているダンブルドアの旧友で元同僚ホラス・スラグホーンを学校に迎え入れる。

ハリーは学校での最初の１年を終え、夏休みをダーズリー一家のもとで過ごしていた。ハリーが相変わらず意地悪な一家に嫌気がさしていたある日、突然ドビーという“屋敷しもべ妖精”が現れる。ドビーはホグワーツへ戻らないよう警告するが、ハリーはそれを聞かずに、助けに来てくれたロンと共にダーズリー家を抜け出した。そして新学期。晴れて２年生となったハリーとロンは、もうひとりの親友ハーマイオニーとも再会し、いつもの充実した学校生活を送っていたが、やがて校内で不気味な出来事が次々と起こり始める…。

ホグワーツ魔法魔術学校の5年生になったハリーは、最近、ヴォルデモート卿のうわさを聞かないことに気付く。そんな折、魔法省は学校にお目付役として新しく防衛術を教える教師を送り込む。その授業を不満に思ったハリーは親友のハーマイオニーらと“ダンブルドア軍団”を結成する。