De regisseur interviewt activisten, politici en historici en combineert dit met archiefbeelden. De titel verwijst naar het dertiende amendement van de grondwet van de Verenigde Staten. In dit amendement worden slavernij en onvrijwillige arbeid per wet verboden.

Op 11 september 2001 zijn de Franse broers en filmmakers Gédéon Naudet en Jules Naudet bezig om een documentaire te maken over de brandweer van New York, en waren net bezig met het interviewen van een brandweerman, toen zij een vliegtuig zagen overvliegen.

Fahrenheit 9/11 handelt over de vermeende relatie tussen de families van George Bush enerzijds, en de families van Osama bin Laden anderzijds. De film start kort na de controversiële verkiezingsuitslag van november 2000.

Documentaire waarin een reis gemaakt wordt door de New Yorkse muziekscene aan het begin van de 21ste eeuw. Het bevat interviews met muzikanten én unieke beelden van bands die destijds in opkomst waren, zoals The Strokes, Interpol, LCD Soundsystem en Yeah Yeah Yeahs. Ook is er aandacht voor historische gebeurtenissen, waaronder de aanslagen van 11 september 2001.