Vier jaar nadat Isla Nublar werd vernietigd, leven - en jagen - dinosaurussen nu samen met mensen over de hele wereld. Dit fragiele evenwicht zal de toekomst opnieuw vormgeven en voor eens en voor altijd bepalen of mensen de toproofdieren moeten blijven op een planeet die ze nu delen met de meest angstaanjagende wezens uit de geschiedenis.
Fallen Kingdom volgt Owen en Claire die enkele jaren na de gebeurtenissen van Jurassic World terugkeren naar Isla Nublar. Een vulkaan op het eiland dreigt uit te barsten en vormt een gevaar voor de overgebleven dinosaurussen.
Een groep ambitieuze ontdekkingsreizigers hoopt in de Afrikaanse jungle een waterdier te vinden, waarvan de oorsprong voortkomt uit de mythe en fantasie van de inheemse bevolking. Het hoofd van de expeditie ziet zijn expeditie echter in duigen vallen als hij met zijn helikopter neerstort door een enorme hoeveelheid vogels - die verdacht veel op dinosauriërs lijken. Daarnaast blijkt dat hij ook nog een verstekeling aan boord heeft: zijn zoon Luke. Met een arsenaal aan opname-apparatuur om het project vast te leggen, komen ze er al snel achter dat het niet pluis is in de jungle...
Een experiment loopt compleet mis. Het gevolg is dat duizenden raptors ontsnappen en los kunnen gaan in Los Angeles. Een speciale black-ops unit moet de rust weer terug laten keren. Ook zorgt een grote groep raptors voor de nodige chaos in de nabijgelegen gevangenis.
Een Amerikaanse cowboy die in Mexico woont, ontdekt dat zijn vee wordt opgegeten door een gigantische prehistorische dinosaurus.