ウルトラマン、セブン、ジャック、エースのウルトラ兄弟は、超獣Uキラーザウルスの地球攻撃を阻止し、その強烈なエネルギーの封印に成功する。20年後、彼らの意志を受け継いだミライ=ウルトラマンメビウスは、地球征服をたくらむ宇宙人連合のテンペラー星人から挑戦を挑まれるが、退けてしまい……。

カリスマ的な統率力を誇る猿のシーザーが、仲間を率いて人類への反乱を起こしてから10年後。遺伝子の進化、知能と言語の獲得により猿たちはさらに進化を遂げ、独自の文明を形成、森の奥に平和なコミュニティを築いていた。一方、10年前に自らが生み出したウイルスにより人類は90％が死に追いやられ、僅かな生存者グループは、荒廃した都市部の一角に身を潜め、希望なき日々を過ごしている。そんなある日、人間たちが資源を求めて森に足を踏み入れたことから、猿たちとの間に危うい緊張が走る。

奴らは人間のみならず、 世界中の建造から自然までも、 謎の光線でのっぺら化してしまう。 そんな地球の危機に集まったいつもの8人は、 アメリカの親友トニーから、 ピクト星人が銀河系のすべてをのっぺら化しようとしていることを知る!