Ze zijn een stuk bos aan het kappen als één van hen, Travis Walton, wordt ontvoerd door een UFO. Ze hebben grote moeite de autoriteiten van hun oprechtheid te overtuigen. Pas vijf dagen later wordt Travis weer gevonden; naakt en volledig in de war.
Oost-Texas, 1980. Richard Dane, een gewone man, schiet uit zelfverdediging een man dood. Dan krijgt hij te maken met Ben Russel, een ruige ex-gevangene en de vader van de man die Dane heeft neergeschoten. Russel is vastbesloten om de dood van zijn zoon te wreken. Maar dorpscorruptie en paranoia veranderen deze gezworen vijanden in onwaarschijnlijke bondgenoten. De twee door schuld getroffen vaders gaan op zoek naar de waarheid, en worden hierbij geholpen door Dane's vrouw en een privédetective uit het achterland van Houston.
Een zakenman, zijn vrouw en hun kind worden vermoord door een onbekende aanvaller. De zaak haalde aanvankelijk het nieuws, maar nu is het een onopgeloste zaak. Een jaar later begint Tanaka de moordzaak te onderzoeken.
In het afgelegen dorpje Nome in Alaska verdwijnen al sinds de jaren zestig onwaarschijnlijk veel mensen. Een officiële verklaring hiervoor is nooit gevonden, maar bijna iedereen in het dorpje lijkt wel te weten waar het door komt: alle vermiste personen zijn ontvoerd door buitenaardse wezens. Sommige dorpelingen zijn ontvoerd en keerden hierna terug in Nome. Zij luchten hierover uitgebreid hun hart bij psychiater Abbey Tyler (Milla Jovovich).
Een folkloreprofessor raakt onbewust bezeten door de oude Japanse demonen Donder en Bliksem. Maar wanneer het Bureau of Paranormal Research & Defense een team agenten op onderzoek uitstuurt, stuurt een vervloekt samoeraizwaard Hellboy naar een bovennatuurlijke dimensie vol geesten, monsters en feodale chaos. Terwijl de pyrokinetische Liz Sherman en de visjongen Abe Sapien tegen een zeer pissige draak vechten, moet een verdwaalde en chagrijnige Hellboy de weg naar huis vinden.
In Italië, tijdens de Tweede Wereldoorlog, ontdekken Amerikaanse soldaten dat er een vreemd ruimteschip is geland in het bos. Ze komen dan oog in oog te staan met een groep gruwelijke buitenaardse wezens. Een nazi- unit ontdekt dan ook het ruimteschip en besluit om de buitenaardse wezens, samen met de Amerikaanse soldaten, gevangen te nemen...