Dua orang perempuan kakak beradik pindah ke desa dengan ayah mereka untuk dekat dengan ibu mereka yang sedang dirawat dan menemukan bahwa pepohonan disekitar dihuni oleh para Totoro, jiwa-jiwa magis dari hutan. Ketika saudara termuda mereka melarikan diri dari rumah, saudara perempuan yang lebih tua mencari pertolongan dari jiwa-jiwa magis untuk menemukannya.

Tumbuh dewasa bisa menjadi jalan yang bergelombang, dan tidak terkecuali bagi Riley, yang tercerabut dari kehidupannya di Midwest ketika ayahnya memulai pekerjaan baru di San Francisco. Emosi pemandu Riley— Kegembiraan, Ketakutan, Kemarahan, Jijik, dan Kesedihan — hidup di Markas Besar, pusat kendali di dalam pikiran Riley, tempat mereka membantu menasihatinya melalui kehidupan sehari-hari dan berusaha menjaga hal-hal positif, tetapi emosi bertentangan tentang cara terbaik untuk menavigasi suatu kota baru, rumah dan sekolah.