両親と2人の弟、そして愛犬とともに平和に暮らす13歳の少女ウェンディー。ある晩、彼女の前にピーター・パンと名乗る不思議な少年が現われる。ピーターに誘われたウェンディーは、弟たちとともに、永遠に子どものままでいられる魔法の国“ネバーランド”へ向けて旅立った。その地で楽しい冒険を繰り広げる一方、ウェンディーは一向に成長せず、恋する気持ちも理解できないピーターに物足りなさを覚えるようになる。

ニューヨークの新聞記者スーは、ジャングルでワニと格闘しながら生きているタフな男、マイケル・“クロコダイル”・ダンディーに会うためにオーストラリアへ向かった。記事のため２人で奥地へ冒険の旅に出かけ、彼らは数々のハプニングを通して次第に惹かれ合っていく。やがて、ダンディーはスーの誘いでニューヨークへ降り立つが、そこには彼女の恋人が迎えに来ていた。

ミック・ダンディーはオーストラリアからニューヨークに来てスーと同棲生活を始めたものの失業してしまい、悶々とした日々を過ごしていた。その頃、南米コロンビアでは、スーの前夫のカメラマン・ボブがルイス・リコの麻薬組織を追っていたが、彼等の殺人の現場を撮影した所を見つかって殺害されてしまう。しかし、そのフィルムは一足早くスーのもとに郵送されていたため、スーとダンディーは組織から狙われる事になるが、ダンディーは仲間たちと共に組織に立ち向かう。