Κατά τη διάρκεια της παραμονής των Χριστουγέννων στο Τόκιο, τρεις άστεγοι, ο μεσήλικας αλκοολικός Τζιν, η πρώην ναρκομανής Χάνα και η φυγάς Miyuki, ανακαλύπτουν ένα εγκαταλελειμμένο νεογέννητο, ψάχνοντας τα σκουπίδια. Με ελάχιστα στοιχεία για την ταυτότητα του μωρού, οι τρεις φίλοι ψάχνουν στην πόλη για να βρουν τους γονείς του.
Ο πράκτορας ασφαλείας κατά της βιολογικής τρομοκρατίας Chris Redfield στρατολογεί τον κυβερνητικό πράκτορα Leon S. Kennedy και την καθηγήτρια Rebecca Chambers από το Ίδρυμα Βιοτεχνολογίας Alexander για να το βοηθήσουν να σταματήσει έναν παρανοϊκό έμπορο θανάτου που σκοπεύει να ελευθερώσει έναν θανατηφόρο ιό στη New York.
Ο Μίουτου είναι ένα πόκεμον που διαφέρει από τα υπόλοιπα. Στην πραγματικότητα είναι ο κλώνος του Μιού, όμως με την ίδια πανίσχυρη και ακατανίκητη δύναμη. Αρχικά οι άνθρωποι τον χρησιμοποιούν ως πειραματόζωο για το δικό τους συμφέρον λόγω της δύναμης του αλλά εκείνος επαναστατεί και καταστρέφει το εργαστήριο οπού βρισκόταν. Στην συνέχεια...
Το "Degeneration" συνεχίζει εφτά χρόνια μετά τα γεγονότα που συνέβησαν στην Raccoon City όπως διαδραματίζονται στα παιχνίδια. Ο λιμός των Ζόμπι έχει σταματήσει... ή μήπως όχι; Όχι ακριβώς επειδή αυτό που εμφανίζεται για ένα γεύμα στο αεροδρόμιο, μοιάζει πολύ με ζόμπι. Αλλά αυτή την φορά η Εταιρία Umbrella έχει διαλυθεί, ποιος λοιπόν θα μας σώσει; Εντάξει, δεν ήταν η Umbrella που μας έσωσε την προηγούμενη φορά αλλά φαινόταν να έχουν πολλούς Κομμάντο που θα πολεμούσαν τα ζόμπι και αυτό είναι πάντα καλό όταν είσαι περιτριγυρισμένος από τους Απέθαντους.
Ο κλέφτης τζέντλεμαν Κάιτο Κιντ έχει βάλει στόχο κάποια κατάνα που χρονολογούνται από την περίοδο Μπακουμάτσου. Ο ντετέκτιβ της Δύσης, ο Χατόρι Χέιτζι βρίσκεται εκεί για ένα τουρνουά κέντο και ο Κόναν μαζί με τη Μόρι και την Καζούχα τον συνοδεύουν για να τον εμψυχώσουν. Παράλληλα, ένας μυστηριώδης άντρας με ιαπωνική καταγωγή αναζητάει έναν θησαυρό που φημολογείται πως βρίσκεται στην περιοχή Χακοντάτε. Η αλήθεια που κρύβεται στο ξίφος θα σκίσει στα δύο το σκοτάδι και θα οδηγήσει στο φεγγαρόφωτο! Η ώρα για ένα επικό κυνήγι θησαυρού, έφτασε!