Section 9 får hænderne fulde da "The laughing man", en berygtet cyber terrorist som har holdt lav profil i de sidste 6 år pludselig dukker op igen. Aramaki tror at politiet hovedmistænkte er en lokkedue, og han beordrer derfor sine folk til at undersøge sagen nærmere. Major Motoko Kusanagi er grundet "The Laughing mans" seneste trussel, imidlertid på en opgave for at beskytte politiets general direktør ved en presse konference. Dette bliver begyndelsen på Section 9's mange møder med "The Laughing man". I mellemtiden har de fået til opgave at pågribe en udenlandsk revolutionær og samtidig sætte en stopper for det der ligner en organ smugler ring. Majoren og Section 9 er stærkt besluttet på at få disse kriminelle pågrebet!

De eventyr eksploderer i aktion med debut af Mewtwo, en bio-manipuleret Pokemon skabt ud fra DNA Mew, den sjældneste af alle Pokemon. Fast besluttet på at bevise sin overlegenhed, Mewtwo lokker Ash, Pikachu og andre til en Pokémon kamp som ingen før. Mewtwo vs Mew. Super-kloner vs Pokemon. Det er den ultimative opgør ... med den meget verdens fremtid på spil!

Året er 1866, stedet er England og dampmaskinen er godt i gang med at revolutionere samfundet. Drengen Eddie er opfinder som sin far og farfar, der begge er rejst væk for at arbejde på et hemmeligt projekt. En dag får Eddie en mystisk pakke fra sin farfar, og snart er drengen dybt involveret i et gigantisk kapløb om morgendagens teknologi.