Nadat in 1996 vijf miljard mensen uitgeroeid zijn door een virus, leeft in 2035 de mensheid (of wat er nog van over is) ondergronds. De veroordeelde James Cole wordt teruggestuurd in de tijd om onderzoek te doen naar het virus, zodat er aan een bestrijding gewerkt kan worden.
In dit tweede deel van de epische Maze Runner saga, krijgen Thomas en de andere Gladers te maken met hun grootste uitdaging tot nu toe: het zoeken naar aanwijzingen over de geheimzinnige en machtige organisatie WCKD.
Bij een mislukte terroristische aanslag, infecteert één van de terroristen zichzelf met een dodelijk virus. Hij vlucht op de trein van Zwitserland naar Zweden en wordt alsmaar zieker. Aan boord van de trein bevindt zich een divers groepje passagiers dat zich geconfronteerd ziet met het virus. Dit wordt vooral lastig als de bevelhebbende commandant beslist dat de trein niet mag stoppen en onder quarantaine moet worden gezet via een legertje commando's. Als blijkt dat de commandant een nog rigoreuzer idee heeft om het virus te bedwingen, komen de passagiers in opstand.
The Invasion vertelt het verhaal van een geheimzinnige epidemie die het gedrag van mensen verandert. Een psychiater uit Washington, D.C. (Nicole Kidman) ontdekt dat de oorsprong van de epidemie buitenaards is. Vervolgens moet zij vechten om haar zoon te beschermen, die de sleutel waarmee een dreigende invasie gestopt zou kunnen worden, in zijn bezit zou hebben.
Transsylvanië 1874: De arts Jean Pierre wordt ten onrechte veroordeeld en overgebracht naar een gevangenis voor geesteszieke criminelen. Dr. Callistratus, hoofd van het gesticht, wordt door de gevangenen gevreesd vanwege zijn wreedheid. Met zijn gebochelde bediende doet hij heimelijk onderzoek in de donkere kelders van het gebouw. Pierre wordt verondersteld hem een handje te helpen vanwege zijn ervaring. Hij realiseert zich al snel dat Callistratus de gevangenen misbruikt voor wrede experimenten. Aangezien er geen ontsnapping mogelijk is uit het gesticht, dat wordt bewaakt door bloeddorstige honden, is er geen ontsnapping. Pierre heeft maar één uitweg: hij moet het vreselijke geheim van Dr. Callistratus ontrafelen.
De zwarte dood had in de afgelopen eeuwen verwoestende gevolgen, maar wat was de oorzaak ervan en hoeveel levens kostte het? De wereld heeft daarvoor en daarna nog nooit zo’n ziekte-uitbraak gezien. Deze film vertelt het verhaal van skeletten die onlangs zijn opgegraven op een lang verloren gewaande pestbegraafplaats onder de straten van Londen. Was het de builenpest, of, zoals wetenschappers nu vermoeden, een Ebola-achtig virus?
Ryan Prior's leven stortte op 22 oktober 2006 compleet in toen hij werd getroffen door een aandoening waarvan talloze artsen niet wisten wat het was, laat staan dat ze er een behandeling voor hadden.