Saat itu tahun 1970-an dan pembawa berita San Diego Ron Burgundy adalah orang paling berkuasa di TV lokal, tetapi semua itu akan berubah ketika reporter ambisius Veronica Corningstone tiba sebagai karyawan baru di stasiunnya.

Alex, Marty, dan hewan kebun binatang lainnya menemukan cara untuk melarikan diri dari Madagaskar ketika para penguin merakit ulang sebuah pesawat yang hancur. Rakitan tersebut dapat mengudara sesuai dengan jarak ke benua Afrika. Di Afrika, mereka menemukan anggota lain dari spesies mereka. Afrika terbukti merupakan tempat yang liar, tapi Alex dan lainnya ingin tahu apakah Afrika lebih baik dari rumah mereka di Central Park.