2035年、人類は謎のウイルスによって99％を失い、絶滅寸前に陥っていた。その原因を探るべく、受刑者のジェームズがタイムトラベルの実験台にされ、過去の世界へと送られる。手掛かりとなるのは“12モンキーズ”という謎めいた言葉だけ。まずウイルスが発生する6年前、1990年にたどり着いたジェームズだが、警察に逮捕され、心の病を治す施設に送られてしまう。彼はそこで、ジェフリーという男に出会う。

南米某国で行方を絶った重要人物奪還のためにジャングルに潜入する特殊コマンド部隊。だがゲリラを掃討した彼らを待ち受けていたのは宇宙から飛来した肉食異星人プレデターだった。体を透明化させて周囲の風景に溶け込み、どこからともなく牙を向くプレデターに隊員たちは次々に倒されていく。仲間を全て失った隊長シェイファーは、姿なき敵が熱に反応して攻撃してくる事を突き止め、ついに一対一の闘いを挑む。

ある日、ハーバードヴィル空港へ降り立ったクレアは、利用客達の中に1人のゾンビを発見した。そのゾンビに噛まれ次々と感染者が増大し空港は大パニックとなる。一方、空港へ向かって飛行中の旅客機内でも感染者が発生し、緊急着陸を試みるも失敗して空港ロビーへ激突してしまう。まもなく、壊れた機体からは乗員や乗客が次々と姿を現すが、彼らは皆ゾンビ化していた。この事態によってクレアは、居合わせたデイビスや知人の姪のラーニー達と共に、空港の一室へ立てこもることとなる。

貨物港でクレーンのオペレーターを勤めるレイ・フェリエは離婚して一人暮らししていた。離婚した妻がボストンの実家を訪ねる間、妻が引き取った子供、ロビーとレイチェルを預かったが彼らと打ち解けられずにいた。ある日の朝、稲妻が数十回も町の同じ場所に落ちると町中が停電し不気味な雲に覆われる中、レイは野次馬たちとともに落雷場所を見にいくと地中から巨大な機械が出現しレーザー光線で次々に人々を殺害し町を破壊してゆく。

謎の円盤型飛行物体が地球に飛来し、事件を巻き起こす。テレビジャックにより人類にコンタクトを取ってきた「ミドリ人」と名乗る宇宙人は、巨大な脳に大きな目、骸骨のような口元の奇怪な緑色の生物だった。 見栄えばかりを気にするアメリカ大統領デイルは、政権内が穏健派と過激派にわかれる中、異星人を大々的なセレモニーで歓迎することにする。大統領の周囲は、ヒステリーな妻マーシャ、シニカルな大統領の娘タフィにお調子者の広報官ジェリー、楽観的なケスラー教授、ベトナム以来の鬼将軍デッカーという面々だった。

ブレナード博士（ロビン・ウィリアムズ）は天才的な発明家だが研究に没頭するあまり、恋人サラ（マルシア・ゲイ・ハーデン）との結婚式を2度もすっぽかしているとんでもないうっかり者。最期のチャンスと宣告された3度目の結婚式の当日、“究極のスーパー・エネルギー”の生成方法が突然ひらめき、早速実験開始！ところが、急激な化学変化で大爆発を起こし実験は大失敗…と思ったら、冷却タンクの中でなにやら動く気配が。中から出てきたのは透明なメロン・グリーンの不思議な物体。手にとるとそれは自由自在に姿を変え、くすぐると反応したりオドケてみせたり。その上ちょっと力を加えただけでものすごいエネルギーを放出する。ついに夢にまで見た驚異のスーパー・エネルギーの誕生だ。その名もフライング・ラバー（空飛ぶゴム）、フラバー！実験成功の興奮からふと我に返り結婚式を思い出すものの、もう完全に手遅れ…。さらに、この画期的な発明のことをかぎつけ、ひともうけしようとたくらんでいる者たちがいた。はたして、フラバーの運命は？そして博士とサラの恋の行方は…！

書物を読むことが禁じられた近未来の世界。幼い頃に両親を失ったモンターグは、自分を育ててくれたベイティ隊長のもと、書物を燃やすファイヤーマンとして日々を送っていた。ある日、これまでに見たこともないほどの本が隠されている家を発見してしまう。全ての本を燃やせと隊長から命令が下った直後、家と本の所有者である老婆が“オムニス（ＯＭＮＩＳ）”という謎の言葉を残して、本と共に焼身自殺を遂げる…。