El Dr. Malcolm Crowe, un reconegut psicòleg infantil de Filadèlfia, rep un atac d'un antic pacient que el culpa per no haver-lo ajudat durant la seva infantesa. Mesos després de patir aquest assalt, en Malcolm comença a treballar amb un altre pacient, un nen de nou anys que pateix ansietat i trastorns emocionals. Com creu que és un cas similar al del seu agressor, en Malcolm dubta de tenir prou capacitat per guarir-lo. Mentrestant, s'adona que el seu matrimoni se'n va en orris perquè la seva esposa es mostra cada vegada més distant.

Al cap de 40 anys, la tinent Ripley, única supervivent de la nau "Nostromo", es recollida de la seva càpsula de salvament i deshivernada. Durant tot aquest temps el planeta d'on va sortir l'Alien, el LV-426, és colonitzat però s'ha perdut tota comunicació amb els seus habitants. Per investigar el succeït s'envia un equip de marines espacials, amb Ripley al capdavant de l'expedició. El que els espera allà no és només una criatura, en són milers....

Set perfectes desconeguts de personalitats molt diferents, es troben sorpressivament dins un laberint kafkià sense sortida, ple de paranys mortals.