De film begint in het 2003-universum. Een gevecht tussen de Paarse Draak-straatbende en de Turtles wordt vastgelegd op film, maar wanneer deze later op tv wordt uitgezonden beweren alle vier de turtles (die uit het 2003-universum) niks af te weten van deze vechtpartij. Ze breken in bij het hoofdkwartier van de Paarse Draken om deze “dubbelgangerturtles” te vinden, maar ontdekken dat de dubbelgangers wel degelijk echte Turtles zijn.
Caterina Silveri is een opera diva die met haar puberzoon naar Italië vertrekt na de plotselinge dood van haar man (zijn stiefvader). De jongen krijgt verkeerde vrienden, raakt verslaafd aan heroine en wordt misbruikt door een ijssalonhouder. Als hij tijdens een ontwenningskuur terugkeert naar zijn geschokte moeder, verleidt ze hem sexueel in een poging zijn pijn te verzachten.
Paul Conway is een 15 jarige jongen die verhuist is naar een andere stad. Hij heeft een robot met de naam BeeBee. Paul raakt bevriend met zijn buurmeisje Samantha maar op een avond mishandeld haar vader haar zo erg dat ze klinisch dood is. Paul wil haar redden door Beebee's microchips in haar hersenen te implanteren maar dat heeft gevolgen.
Het jonge genie Paul Stephens (Collet) wil voor een wetenschapsbeurs eigenhandig een atoombom in elkaar frutselen. Wanneer hij bij een overheidsfabriek het benodigde plutonium steelt, komt hij in de problemen.
Alessandro is een 32-jarige man die op zoek is naar een nieuwe baan. Zijn vriendin heeft hem sinds kort verlaten en dat werkt op zijn zenuwen. Totdat hij ineens op een een dag de 17-jarige Nikki tegenkomt, die zich voorbereid op haar eindexamen. Vanaf die dag zullen beiden levens veranderen. Ze worden verliefd op elkaar.
De 17-jarige Rock Burdock is de winnaar van een wedstrijd, waarin werd gezocht naar iemand die de nieuwe nationale kerstboom bij het Witte Huis kan planten. Hij wordt naar Washington vergezeld door zijn vader, met wie hij niet goed kan opschieten.
Timothy Lea en zijn zwager Sidney openen een rijschool omdat ze denken er snel rijk mee te kunnen worden. Ondanks dat hij zijn studenten echt wil leren autorijden, komt Timmy erachter dat ze veel meer aandacht voor hem hebben dan voor de weg...
Timmy gaat als glazenwasser bij zijn zwager werken. Hij ontdekt dat sommige vrouwelijke clienten extra service verwachten. Nieuwsgierig als hij is, probeert hij deze service natuurlijk zo goed mogelijk te verlenen. Maar ondertussen is hij verliefd op Liz, met wie hij pas seks mag hebben als hij volledig trouw aan haar is.
Nadat een professionele worstelaar per ongeluk een tegenstander in de ring heeft gedood, neemt hij een baan aan bij een groepshuis voor jeugddelinquenten. Maar wanneer een psychopaat met een worstelmasker de tienerbewoners begint af te slachten, wordt hun rehabilitatie een onvoorwaardelijke strijd om te overleven. Oorspronkelijk gefilmd in 1994, maar voltooid in 2019.