Agen intelijen Tae-joo, yang kariernya tengah naik dengan cepat, membenci semua hewan. Namun, demi mendapatkan kenaikan pangkat selanjutnya, ia mengajukan diri untuk mengerjakan sebuah misi melindungi seekor panda istimewa dari Tiongkok bernama Ming-Ming. Pada pesta penyambutannya, Ming-Ming diculik oleh organisasi teroris internasional. Saat memburu para teroris, Tae-joo mengalami kecelakaan hingga pingsan. Saat akhirnya siuman, Tae-joo menyadari bahwa kini ia punya kemampuan bisa berbicara pada hewan-hewan, lalu menemukan satu-satunya saksi dari penculikan tersebut—seekor anjing pensiunan militer yang keras kepala bernama Ali. Demi mengembalikan posisinya sebagai agen terbaik, Tae-joo dan Ali harus bahu-membahu menyelamatkan Ming-Ming.
Skipper, Kowalski, Rico, dan Private bergabung dengan organisasi penyamaran The North Wind untuk menghentikan penjahat Dr. Octavius Brine yang menghancurkan dunia seperti yang kita kenal.
Dalam sekuel jenaka ini, ketiga sahabat, Alvin, Simon, dan Theodore melakukan perjalanan lintas negara demi menghentikan wali mereka, Dave, melamar pacarnya.