Klonkrigene har hærget republikken i tre år, og Jedi-ridderne er tæt på at få fanget lederne af separatiststyrkerne. Mens Obi-Wan sendes på mission for at fange den farlige General Grievous, plages Anakin af drømme om den gravide Padmes død. Fortvivlet søger han hjælp hos Kansler Palpatines, hvis magt over det galaktiske senat øges. Palpatine afslører sin sande dagsorden og Anakin må vælge hvilken side han vil stille sig på.

Pigen Meg og hendes geniale storebror Charles, hvis far er forsvundet sporløst. Søskendeparret finder ud af, at faren, der var videnskabsmand, har arbejdet på en slags tidsmaskine, så de begiver sig ud på en eventyrlig rejse for at finde ham. Snart ender børnene på en fremmed planet, der herskes af en gigantisk ond hjerne kaldet The Black Thing.