1939年、ポーランド南部の都市クラクフにドイツ軍が侵攻した。ドイツ人実業家のオスカー・シンドラーは、一旗揚げようとこの街にやって来た。彼は金にものを言わせて巧みに軍の幹部たちに取り入り、ユダヤ人の所有していた工場を払い下げてもらう。ユダヤ人会計士のイツァーク・シュテルンをパートナーに選んだシンドラーは、軍用ホーロー容器の事業を始める。41年3月、ユダヤ人たちは壁に囲まれたゲットー（居住区）に住むことを義務づけられる。シュテルンの活躍で、ゲットーのユダヤ人たちが無償の労働力として、シンドラーの工場に続々と集められ事業はたちまち軌道に乗る。

ナチスのワルシャワ侵攻を目の当たりにし、死の収容所送りを奇跡的に逃れたシュピルマンは、ゲットーの廃墟に身を隠すことで第二次世界大戦を生き延びる。

1944年、第二次大戦下のフランスで外科医として黙々と働く男。戦火の拡大にともない愛する妻と娘を娘の田舎へと疎開させるが、パルチザン狩りのドイツ軍小隊に娘は射殺、妻は焼き殺されてしまう。溢れそうになる血の涙と嗚咽をかみ殺しながら、怒りに震える男は単身で反撃、ドイツ軍を一人づつ処刑していく…。

第２次大戦末期のイタリア。空襲で破壊された修道院でカナダ人看護師ハナは、ある患者の世話をしている。重い火傷で英語を話すが自分の名は思い出せない。英陸軍工作兵のキップ、カナダ軍諜報部隊のデヴィッド・カラヴァッジョと共に修道院で一緒になった４人。カラヴァッジョは患者に問いかけ、患者は徐々に記憶を取り戻す。

司法試験浪人の健太郎は、結果を出せないことで進路に疑問を抱き始めていた。そんなとき、彼は今の祖父とは血のつながりがなく、宮部久蔵という血縁上の祖父が太平洋戦争末期に特攻で命を落としていた事実を知る。そのときの祖父が自分と同じ26歳だったと聞き、健太郎は祖父の人生をたどり始める。だが当時の祖父を知る人々は、宮部は天才的なパイロットながら、生還に執着する臆病者、卑怯者だったと口をそろえて非難するのだった。

1943年、ロシア戦線。ソ連軍との戦闘が激化し、撤退を余儀なくされていくドイツ軍の小隊長シュナイター伍長は、勲章を手に入れることしか興味のない無能な指揮官のシュトランスキー大尉を嫌悪していた。2人の関係が険悪になっていくなか、シュトランスキーは勲章を得るため、シュナイターの部隊を策略にかける。

太平洋戦争末期、硫黄島への上陸を果たしたアメリカ軍は、日本軍のしぶとくて粘り強い守りに意外な苦戦を強いられ、長期戦の様相を呈することに。そんなさなか、6人の米兵たちが島の山頂に星条旗を打ち立てる様子を撮影した1枚の写真が、銃後のアメリカ国民を熱狂させ、一躍英雄に祭り上げられた彼らは祖国に呼び戻されて、戦費調達のために全米中を旅して回る、国債キャンペーンに駆り出されることとなる。けれども6人のうち、3人は既に戦死。今なお熾烈な戦いを続ける戦友たちをあとに残して、祖国に生還したドク、アイラ、レイニーは、次第に苦悩と憂愁の色を深めていく。

疎開する列車に居合わせた妻子もちの中年フランス人男性と、若く美しいユダヤ人女性アンナ。惹かれ合いながらも別れた二人だが、後にドイツ軍に囚われたアンナと再会する。その時男がとった決断とは……。

1942年北大西洋。1隻のドイツ潜水艦Uボート571号がイギリスの駆逐艦に攻撃され漂流、救難信号を発信する。 それを傍受したアメリカ海軍は潜水艦S-33をUボートに偽装、救援を装ってU571号を乗っ取り、ドイツ軍の最新暗号機（エニグマ）を奪取する作戦に出る。 しかし作戦実行中、救難信号を受けロリアンのUボート・ブンカーからU571号の救援に駆けつけた本物のUボートによってS-33が撃沈され乗組員のほとんどを失ってしまう。 敵潜水艦に取り残された副長ら数人は、扱いなれないUボート571号を駆使して、帰還しようとドイツ軍に立ち向かう。

1944年6月。連合軍はナチスドイツの占領下にある北西ヨーロッパに侵攻するノルマンディー上陸作戦の準備を進めるが、英国首相のチャーチル（ブライアン・コックス）は反対していた。それは彼が第1次世界大戦時に計画し、多くの死傷者を出したガリポリの戦いのような戦禍の再来を危惧していたからだった。連合国軍最高司令官のアイゼンハワー（ジョン・スラッテリー）から反対を却下された彼は、作戦を阻止するため動き始める。