伝説の黄金郷エル・ドラドへの地図を手に入れたサギ師トゥリオとミゲール。憧れの地にたどり着くが、計画通りに事は運ばない...。

ニューヨーク西34丁目にある老舗デパートのコールズは、営業不振に苦しんでいた。そんな中、クリスマス恒例のパレード開始直後にサンタクロース役が酔い潰れてしまい、責任者のドリーは、偶然居合わせた老人クリスを代役に起用する。サンタのイメージにぴったりのクリスの活躍でパレードは大成功を収め、デパートの売り上げも急上昇。しかし、ライバルのデパートの社長たちの陰謀によって、事態は思わぬ方向に…。

ライオンのアレックス、シマウマのマーティ、カバのグロリア、キリンのメルマンの４頭とその仲間たちがマダガスカル島に漂着してから数年後。ようやく飛行機でニューヨークへ帰る手筈が整うが、離陸して間もなく燃料切れで不時着してしまう。そこは、彼らの生まれ故郷、アフリカ大陸だった。様々な動物と交流を育むアレックスたち。だがそんな中、水が枯渇する事態に見舞われる。アレックスたちはその原因究明に奔走する。