超常現象捜査防衛局のエージェントとして極秘に活動するヘルボーイは、同僚であり恋人でもあるリズとの関係に悩みながら、人類のために魔物退治にあたっていた。ある夜、オークション会場が何者かに襲撃される事件が発生し、ヘルボーイたちは現場に急行して事態を収拾させる。事件の真相を調べるためにニューヨークに向かったヘルボーイたちは、そこではるか昔に人間と争っていたエルフ族とその末裔の存在を知る。

1821年、ラス・カリフォルニアスの最後のアルタ・カリフォルニア総督であったラファエル・モンテロは民衆の不満が高まりサンタ・アナ率いる革命軍の侵攻が迫る中、農民の処刑を餌に覆面の剣士怪傑ゾロを捕らえようとしたがゾロを英雄視する農民たちによって妨げられる。予てからスペイン貴族ディエゴ・デラ・ベガがゾロの正体ではないかと目を付けていたモンテロはディエゴ邸を襲う。ディエゴは捕らえられ、妻は殺され、幼い娘エレナはモンテロに奪われてしまう。

1976年、米サンフランシスコ。アーティストを夢見る15歳の少女ミニー・ゲッツは、自分のルックスにコンプレックスを抱き、なかなか男の子と話ができず悩んでいた。そんなある日、母親の彼氏であるグータラだけどかっこいい中年男モンローに思わず、セックスをおねだり！バージンを捨て、心がはずみっぱなしのミニーは、絵を描いたり、日記代わりに使っているテープレコーダーに自分の想いや出来事を赤裸々に吹きこんでいく。しかし、それを思いがけない人に聞かれてしまい・・・。

再びG・ハックマン扮する悪の天才レックス・ルーサーが登場、核エネルギーから創り出した“悪のスーパーマン”ニュークリアマンを使ってスーパーマンに戦いを挑む。「アイアン・イーグル」（87）のS・J・フューリーが監督。

謎の異常気象が相次ぐイギリス。政府の極秘諜報機関「ミニストリー・シークレット・サービス」は気象学者のエマ・ピールに調査を依頼する。しかし研究所は何者かの手によって破壊され、極秘研究中だった気象シールドも壊されていた。監視カメラに映されていた人物はエマにそっくり。 そこでミニストリーのトップ、マザーの命令により、機関の諜報員ジョン・スティードはエマと共同で犯人を探し出すことに。機関のナンバー2、ファーザーは彼女が犯人ではないかと疑っていた。 2人はかつてミニストリーの職員だった天才科学者のオーガスト・デ・ウィンター卿に目をつける。彼はファーザーと手を組んで世界の気象を操り、世界征服を企んでいたのだ。ウィンターは全世界を氷河期に陥れると脅迫する。スティードとエマは彼の気象制御基地へ乗り組んだ。