物質移動と遺伝子組み換えについて研究している科学者セスは、物質を別の空間に転移する新装置“テレポッド”を発明する。セスと出会った雑誌記者のベロニカは装置のことを特ダネにしようと彼に提案し、やがて2人は愛し合う仲になる。やがてセスは自ら“テレポッド”の実験台になるが、装置の中に1匹のハエがまぎれ込んでいたせいで、彼の肉体に異常な変化が。なんとセスの肉体に、少しずつハエのような特徴が現われてくる。

舞台は人々の欲望が渦巻く街――東京。 悪い大人たちを改心させているという「心の怪盗団」の存在が人々の間で噂されるなか、世間では物騒な事件が立て続けに発生していた。 そんなある日、「怪盗お願いチャンネル」に届いた1通の依頼をきっかけに、異世界の舞台に4人の高校生と1匹の黒猫が動き出す――。 原作ゲームともリンクする、完全オリジナルストーリー。

ニューヨーク。人気キャスターのエイプリルは、謎の犯罪組織の正体を探ろうとして逆に襲われてしまう。彼女の危機を救ったのは、人間大のカメ4兄弟、ラファエロ、レオナルド、ミケランジェロ、ドナテロ。薬品ミュータンジェンの力で人間同等の知能と姿を持った彼らは、同じくミュータント化したネズミの師匠スプリンターから忍者として育てられていた。4兄弟“ミュータント・タートルズ”はエイプリルとともに組織に立ち向かう。

第1次世界大戦下のドイツ帝国。プロイセン軍人貴族の家庭に育った青年リヒトホーフェンは、戦闘機部隊に加わり、瞬く間に頭角を現わし始める。正々堂々と戦い、敗者にも手を差しのべる彼の高潔な戦いぶりは敵からも一目置かれ、やがてトレードマークの赤い機体から《レッド・バロン》の異名を全欧中に轟かしていく。だが一方、その名声は軍上層部からプロパガンダに利用され、度重なる親友の戦死も重なり、彼を疲弊させていく。

炎に包まれたニブルヘイム。ティファは逃げろという師ザンガンを振り切り父を救うため魔晄炉のセフィロスの下へと行ってしまう。そのことを聞いたザックスもセフィロスの下へ向かい、魔晄炉でソルジャー同士の戦いが始まる。しかし、ソルジャークラスファーストのザックスもセフィロスには及ばず倒れてしまう。セフィロスがジェノバの首を斬り取った瞬間、後ろから一人の神羅兵に刺される。その後ティファを抱きかかえたその顔は、クラウドだった。ザックスからセフィロスにとどめをさせといわれたクラウド。バスターソードを再び手に取り立ち向かうクラウドだが逆に正宗を胸に突き立てられ形勢を逆転させられてしまう。しかし、クラウドは刺さった正宗を掴みセフィロスを振り払った。セフィロスはそのクラウドの様子に不適な笑みを浮かべ、ライフストリームに降りていった。その後駆けつけた神羅、ツォン、宝条らは、クラウドとザックスを収容する。

シュレッダーが率いる犯罪組織を倒したが、住居である下水道を失ってしまったミュータント化したカメのチーム“タートルズ”と彼らの師匠のネズミであるスプリンターは、友人になったTVリポーター・エイプリルの家に間借りさせてもらう。そんなエイプリルが化学廃棄物の処理について疑念を抱いた大企業から、シュレッダーたちは廃棄物を盗み出す。やがて“タートルズ”は、新たに生まれた怪物たちなどシュレッダーの一味と戦う。

1事故。 10人の生存者。 文明から3,000マイル。 飛行機crash落事故からの生存者のグループは、ゴビ砂漠の真ん中で失われ、救われる可能性はありません。 彼らの唯一の希望は、「不可能」を達成することです。plane落した飛行機の残骸を使って新しいデバイスを構築し、砂漠から抜け出すことです。 貨物飛行機パイロットのフランクタウンズと彼の副操縦士AJがモンゴルのタンサグ盆地に派遣され、キャンセルされた炭化水素探査作業のスタッフを避難させたとき、それはすべて始まりました。 このふたりは、この日常的な使命が生死の闘争になり、人生に対するすべての見方を完全に変えるとは考えていません。