Animatrix on arvostetuimpien anime-ohjaajien luoma yhdistelmä tietokoneanimaatiota ja japanilaista animea. Lyhytelokuvat kertovat ajasta ennen Matrixin tapahtumia, ihmiskunnan viimeisistä kaupungeista, sodasta koneita vastaan ja ihmissuvun kukistumisesta. Elokuvat sisältävät ainutlaatuista taustatietoa Matrixista. On aika kytkeytyä keinotodellisuuteen.
Deunan ja hänen kyborgikumppaninsa Briareos on jätetty selviytymään kolmannen maailmansodan jälkeiseen yhteiskuntaan. Palkkasotureina heidän tehtävänsä on suojella utopistisen Olympuksen kaupungin kahta asukasta ja pelastaa ihmiskunnan viimeinen toivo.
Vuosi on 2021 ja tietovarkaudet ovat niin yleisiä, että mitään dataa ei ole turvallista viestiä tietokoneiden saati puhelimen kautta, joten ratkaisuksi oli keksitty ihmiskuriirit joiden päähän asetettuun siruimplanttiin voidaan ladata kuljetettavat tiedot. Johnny Mnemonic on yksi tälläisistä implantin päähänsä ottaneista kuriireista joka on menettänyt niin paljon muistojaan, ettei oikein tiedä mitään itsestään. Nyt Johnny haluaa poistattaa implanttinsa ja saada muistonsa takaisin, mutta leikkaus vaatii rahaa, paljon rahaa ja saadakseen sitä on Johnnyn otettava vielä yksi hyvin rahakas keikka vastaan. Johnny tapaa uudet asiakkaansa ja tiedot ladataan Johnnyn päähän. Kesken tehtävän paikalle saapuu joukko tappajia lahtaamaan Johnnyn asiakkaat, mutta kuriiri itse pääsee pakenemaan. Sääli vain että avauskoodi pääsee osittain tuhoutumaan ja nyt Johnnylla on vain pari päivää aikaa saada ulos päästään sinne tallennettu tieto ennen kuin aivot ylikuormittuvat ja hän luolee sen seurauksena.
Yhteiskunnallisen sekasorron ja tappavan epidemian riivaama tulevaisuuden Amerikka on vajonnut brutaalin painajaisen kouriin. Vain Pearl Prophet, kaunis kyborgi, pystyy kehittämään kipeästi kaivatun rokotteen. Mutta kun Pearl yrittää epätoivon vimmalla kerätä tietoa voidakseen pelastaa maailman, joukko ihmissyöjiä sieppaa hänet. He tahtovat rokotteen itselleen... voidakseen hallita maailmaa! Vain miekkasankari Gibson Rickenbackerin pistämättömät taistelutaidot voivat pelastaa Pearlin ja sen, mitä ihmiskunnasta on enää jäljellä...
Virtuaalitodellisuutta tutkiva Tri Angelo houkuttelee koekaniinikseen yksinkertaisen Ruohonleikkaajan, Joben, joka tuntuu aluksi nauttivan ja hyötyvän kokeista ja tuloksista. Hänen olematonta aivokapasiteettiaan laajennetaan tietokoneen avulla ja hän ylittääkin ällistyttävän nopeasti kaikki normaalin älykkyyden rajat. Ruohonleikkaajan pelottava todellisuus alkaa pian näkyä kokeiden seurauksena ja koko tutkimus ryöstäytyy Tri Angelon käsistä. Ruohonleikkaaja ryhtyy kostamaan alistajilleen kärsimänsä vääryydet uusien saavuttamiensa voimien avulla.