Lietadlo nesúce aj malé dievča Sheetu, prepadnú piráti a útok končí jej pádom. Nepadne však dole, ale pomaly sa znesie do náručia chlapca menom Pazuo. Onedlho spolu zistia, že jej to umožnil tajomný modrý kameň z levitačného kryštálu, ktorý mala pri páde u seba. Tento kameň môže byť kľúčom k Lapute, dávnemu legendárnemu mestu, ktoré pláva po oblohe a ukrýva veľké bohatstvo a nesmiernu moc. Niet divu, že kameň chcú za každú cenu získať vzdušný piráti a aj vládny agenti...

Príbeh chlapca a jeho strýka, ktorý je súkromným detektívom, sa odohráva v ďalekej budúcnosti, kde spoločne žijú ľudia a roboti, nie však v mieri. Mnohí roboti sú nútení obývať vyhradené oblasti a je im prisúdená úloha podradných ľudských sluhov, čo samozrejme neprispieva k pokoju ani k harmonickému spolužitiu. Keď sa chlapec stretne s robotom Timom, dostanú sa spolu do mnohých komplikovaných situácií, v ktorých pochopí, aké dôležité sú city, ktoré ľudí odlišujú od ostatných bytostí.

Keď bezohľadný protivník v túžbe po odplate vypustí nebezpečný smrteľný vírus, kapitán protiteroristickej jednotky Chris Redfield požiada o pomoc agenta Leona S. Kennedyho a profesorku Rebeccu Chambers, aby spoločnými silami zastavili obchodníka so smrťou a zachránili New York.