El coronel John Matrix, expert en arts marcials, és un comando sense igual; tot i això, a causa del nombre d'operacions especials en què ha intervingut, ha estat 'jubilat' per protegir-lo dels qui voldrien venjar-se'n. Però un dictador sud-americà despietat i venjatiu ha aconseguit localitzar-lo i segrestar la seva filla. Per recuperar-la, Matrix haurà de tornar a Sud-amèrica amb una darrera missió: acabar amb el president Velásquez.
En un futur pròxim, on la intel·ligència artificial reina, les emocions humanes s'han convertit en una amenaça. Per a alliberar-se d'elles, la jove Gabrielle (Léa Seydoux) ha de purificar el seu ADN submergint-se en les seves vides passades. En aquest viatge a través del temps, es retroba amb Louis (George Mackay), el seu gran amor. No obstant això, la por a una inquietant premonició s'apodera d'ella: té la sensació que s'aveïna una catàstrofe.
El Superagent 86 és un agent secret maldestre i despistat que pertany a l'agència d'intel·ligència governamental, que lluita contra les forces del mal. Ell i la seva companya inseparable, l'agent 99, s'enfrontaran a uns malvats rivals, l'agència K.A.O.S.
Un tremolor de terra similar als quals amb freqüència sofreix la ciutat de Los Angeles va ser el primer senyal d'alarma. Un jove sismòleg ho havia pronosticat com a preludi d'un terratrèmol de gran intensitat. Hores després, quan es va produir un segon tremolor, els tècnics ja no van tenir cap dubte: la catàstrofe era imminent. Va caldre avisar a l'alcalde, però aquest no es va atrevir a donar l'ordre d'evacuació per temor al fet que el pànic s'apoderarà de la població, es va limitar simplement a prendre mesures preventives.
Un equip d'astronautes acaba de coronar un dels somnis de l'exploració espacial: posar els peus en Mart. Després de completar la seva missió de reconeixement, la nau terrestre inicia la tornada al planeta Terra. Aviat, les celebracions de la tripulació es tornen tragèdia ja que durant el trajecte estranyes criatures marcianes han decidit acompanyar als astronautes en el seu retorn a casa.