田舎の山荘で遊んでいたサムと息子トニー。だが突然謎の光が現れ、サムは姿を消してしまった。以来、トニーはサムが光に連れて行かれる悪夢を見続けていた。 3年後、山中に墜落したUFOから謎の生命体が現れ、近くに住む女性を襲い、腹部から触手を出して女性の体内に何かを産みつける。やがて女性は苦しみもがき、腹部が膨れ上がって体内から一人の成人男性が誕生する。それは紛れもなく３年前行方不明になったサムだった…

冒険好きの少年明夫とトムは、不時着した無人宇宙船に乗り込み、太陽を挟んで地球と反対側にある第10惑星に連れ去られてしまう。彼らを迎えた第10惑星人は一見友好的に見えたが、やがて本性を現わし、地球侵略のため少年たちの脳を食べて情報を得ようとする。そこへ地球からガメラが飛来、明夫たちは危ないところを救われる。だが、第10惑星人が繰り出した大悪獣ギロンの猛攻で、さしものガメラも深手を負ってしまう。

1,000年前に対話が一切できない異生物・奇居子によって太陽系が壊滅して以来、人類の一部は巨大な宇宙船シドニアで繁殖しつつ宇宙をさまよっていた。シドニアの地下で生活してきた少年の谷風長道は、衛人と呼ばれる大型兵器の訓練生となり、やがて歴史的名機・継衛の操縦士となる。あるとき、再び奇居子が出現し……。