El 1920, al Lower East Side, el barri jueu de Nova York, Noodles fa alguns robatoris amb els seus companys Cocky, Patsy i Dominic. Arriba un cinquè col.lega, Max, el més decidit i que aviat serà el cap de la banda. Durant una baralla amb la banda rival, Noodles venja l'assassinat de Cocky matant el cap de la banda i és empresonat. El 1930, Noodles surt de la presó i l'acullen els seus amics, que han prosperat gràcies a la prohibició. Quan s'aboleix la llei seca, Max té nous projectes i per aconseguir diners planeja robar el Banc de l'Estat. Espantat per aquesta idea, Noodles denuncia els seus amics. La policia els mata i Noodles, trasbalsat, es refugia en un fumador d'opi. El 1968, Noodles, envellit, acudeix a una misteriosa convocatòria i retroba els llocs de la seva infantesa. Acaba descobrint que Max encara és viu i que, portat per la seva ambició, sempre ha enganyat a tothom.

Mentre els constructors del ferrocarril avancen imparables pel desert d'Arizona en el camí cap al mar, Jill arriba al petit poble de Flagstone amb la intenció de començar una nova vida.

Any 1975. Jimmy, Dave i Sean són tres nens que passen la seva infantesa jugant als carrers d'un barri conflictiu de Boston. Un dia, uns homes en un cotxe s'emporten Dave, que patirà abusos sexuals durant uns quants dies. Aquest fet marcarà el futur dels nois. Vint-i-cinc anys més tard, els tres amics es retroben a causa d'una tragèdia: la filla adolescent de Jimmy ha estat assassinada. Sean és policia i investiga el cas. Dave, perseguit encara pel trauma infantil sofert, resultarà ser el principal sospitós del crim.

La pel·lícula consta de nou trames paral·leles que tenen lloc a la Vall de San Fernando, a Los Angeles: un nen prodigi, el presentador d'un concurs de televisió, un exnen prodigi, un moribund, el seu fill perdut, la dona i el infermer del moribund. Són històries aparentment independents, però que guarden entre si una relació estranya. Magnolia és el retrat de la vida americana vist a través d'una sèrie de vinyetes còmiques i commovedores.

Berlín, octubre del 1989. Uns dies abans de la caiguda del Mur, la mare d'Alex, una dona orgullosa de les seves idees comunistes, entra en coma. Quan desperta vuit mesos després, el seu fill farà el possible i l'impossible perquè no sàpiga que està vivint en una Alemanya reunificada i capitalista. El seu objectiu és convertir l'apartament familiar en una illa ancorada en el passat, una mena de museu del socialisme on la seva mare visqui còmodament creient que res no ha canviat.

Tot i que Norman i Paul Mclean, fills d'un pastor protestant, van rebre una educació rígida, també van gaudir de llibertat. Norman, un jove assenyat i reservat, és professor i està enamorat. Paul, en canvi, és extravertit, es dedica al periodisme i porta una vida desordenada. Tot i així, hi ha alguna cosa que sempre els mantindrà units: el riu salvatge que travessa Montana, on van aprendre a pescar.

Un home captiu dels seus propis somnis tracta de despertar-se i prendre el control de la seva pròpia imaginació. La vida sembla estar millorant per al tímid i introvertit Stephane quan la seva mare el convenç perquè torni a la casa on va créixer a França, prometent-li un treball. La seva naturalesa creativa i el seu pertorbador món de somnis amenacen constantment amb usurpar el seu món real.

Original i extravagant revisió del mite de Don Juan. Després de ser abandonat per la seva última conquesta (Delpy), Don Johnston (Bill Murray) rep una carta anònima en què se li informa que té un fill. Tan inesperada notícia l'impulsa a emprendre un viatge a la recerca de les antigues amants per resoldre el misteri.

Una banda de marginats i inadaptats viu en un miserable antre de Los Angeles, l’“Hotel del Milió de Dòlars”. Tom, el protagonista, s’enamora bojament d’Eloise. La mort d’Izzi farà que el seu pare, un important personatge de la televisió, posi en marxa una investigació per fer callar els rumors de suïcidi que podrien fer malbé la seva reputació.