シュレックは他の人からは怖がられている怪物である。その外見とは裏腹に本質は心の優しい彼は、人里離れた沼地で一人気楽に暮らしていた。ある日、シュレックは森の中でお調子者でおしゃべりなロバのドンキーと出会う。シュレックに怯えて逃げた兵達を見てシュレックが自分を救ってくれたと思い込み嫌がるシュレックについて行く。ドンキーのおしゃべりにうんざりしたシュレックが戻ってみると、彼の沼地には妖精やおとぎ話の主人公達が押し寄せてきていた。

アニメーション映画スターであるロジャー・ラビットは今日もベビー・ハーマンと共に映画撮影の真っ只中。しかし、いつもの調子が出ずNGばかり出してしまう。ロジャーの妻ジェシカが浮気をしてるのではとの噂があるからだ。スランプに陥ったロジャーを心配したマルーンは私立探偵を雇う事にした。一方、探偵のエディ・バリアントは、かつてトゥーンに関わる仕事が大好きだったが、一緒に探偵をやっていた弟をトゥーンに殺害されて以来、トゥーンを憎んでいた。