遠い昔、遙か彼方の銀河では帝国軍の独裁体制が敷かれていた。反乱の機会をうかがう惑星アルデラーンのレイア姫は暗黒卿ダース・ベイダーに捕らえられるが、その寸前に二体のドロイドR2-D2とC-3POを砂漠の惑星タトゥイーンに送り込む。偶然にもそのドロイドを手に入れた青年ルークは、ジェダイの騎士団の一人オビ＝ワン・ケノービや密輸船ミレニアム・ファルコンの船長ハン・ソロたちと共に、反乱軍と帝国軍の闘いに巻き込まれていく。
巨大な宇宙貨物船に侵入した一匹の異星生物の恐怖。地球への帰途についていた宇宙貨物船ノストロモ号は、謎の救難信号を受けて未知の惑星に降り立つ。そこには異星人の船があり、船内には無数の奇怪な卵が存在していた。卵から飛び出した奇妙な生物が顔に貼り付いた航宙士ケインを回収し、ノストロモ号は再び航海につくが、彼の体内にはすでに異星生物の幼体が産みつけられていたのだ。ケインの腹を突き破り姿を現したエイリアンは脱皮を繰り返し巨大に成長、一人また一人と乗組員を血祭りにあげていく……。
1914年、ナイル河畔の地下の神殿で見つかった古代文字は火・水・土・風以外の“第5の要素”があると示す。2214年、ニューヨーク。久しぶりに地球を訪れたモンドシャワン人の宇宙船は、武器商人ゾーグとその手下マンガロワ人に撃墜される。宇宙船にあった細胞を再生すると、地球の言語が分からない美少女が生まれ、町に逃げ出す。彼女、リールーはタクシー運転手コーベンに救われ、彼女の言葉が分かる神父のもとへ向かう。
無人惑星セティ・アルファ・Ｖに、残虐非道なカーンが幽閉されていた。カーンはある理由から、ＵＳＳエンタープライズ号のカーク船長を恨み続けていた。そんな時、この星にＵＳＳリライアント号の乗組員ふたりがやってきた。彼らを捕らえたカーンは、カークの恋人だったキャロルが無から生命を生み出すという“ジェネシス計画”を立てていることを知り、この計画の乗っ取りとカークの抹殺をもくろむ。
人類を同化するというボーグの最初の試みが失敗してから6年。ボーグは再び人類を同化するため侵略を開始した。彼らはゼフラム・コクレーンによる人類初のワープ飛行を阻止し、人類が彼らに抵抗できる技術力を持つ前に同化を完了するために過去にタイムトラベルした。ピカード艦長と彼の乗組員は新たに建造されたUSSエンタープライズEで過去の地球へタイムトラベルし、ボーグの企みを阻止しなければならない。
「未来、たぶん日本。“ロボット”が実用化されて久しく、“人間型ロボット”（アンドロイド）が実用化されて間もない時代。」 高校生のリクオは、所有するハウスロイド「サミィ」の行動記録の中に、命令した覚えのない行動を発見する。友人のマサキを誘って記録された場所に向かってみると、そこには「イヴの時間」という不思議な喫茶店があった。 そこに集う様々な人間やアンドロイド達との関わりの中で、それぞれが少しずつ影響を及ぼしあい、変わっていく。やがてそれは、外の世界へもかすかな、しかし確実に波紋を広げることとなる。
23世紀。カークらUSSエンタープライズの乗組員たちはスポックの故郷バルカン星で暮らすが、船を勝手に動かした責任を取る覚悟で地球に戻ろうと決心。同じころ地球に強力な電波を発信する異星の探査船が接近する。電波のせいで滅亡寸前になった地球だが、カークたちは探査船を送ったエイリアンの目的がザトウクジラだと気付く。エイリアンは太古から地球のザトウクジラと交信していたが、ザトウクジラは21世紀に絶滅していた。
23世紀。クリンゴン人のある資源衛星が事故により爆発し、同衛星では大気汚染が進み、あと何十年かで同惑星が壊滅する事実が判明する。惑星連邦は講和を申し入れてきたクリンゴン帝国の宰相ゴルコンに対し、カーク船長率いる宇宙船USSエンタープライズの護衛をつけるが、カークの部下スポックが講和を望む一方、かつて自分の息子をあるクリンゴン人に殺された過去があるカークは、講和という事態を受け入れるのに躊躇していた。
USSエンタープライズのカーク船長に恨みを持つカーンのせいで、カークの仲間スポックは命を落とし、遺体はジェネシス装置によって生まれ変わった惑星ジェネシスに葬られた。実はスポックは死の間際、自己の魂（カトラ）を仲間のマッコイの脳に移していた。それに気付いたカークはマッコイらとジェネシスに向かう。惑星には先にカークの息子デビッドのチームが到着するが、地球を含む惑星連邦と敵対するクリンゴン人に襲われる。
時は２３世紀。処女航海中のＢ型エンタープライズ号に救難信号が入り、かつてのエンタープライズの艦長、カーク提督の助力を得て、救助活動を開始。ところがアクシデントにより、艦の一部が消滅してしまう。７８年後、ピカード率いる最新鋭エンタープライズは救難信号を受け、現場に急行。そこで彼らが救出したのは、７８年前の事故の生存者ソランだった。ピカードは事故の調査を開始するが、突然クリンゴン帝国の攻撃船が現れる。
地球の中世時代のよう牧歌的な雰囲気をもつバクー人の惑星で調査活動を続けていたアンドロイドのデータ少佐に異変が起きた。実はバクー星は、基地も隊員もホログラム映像で偽装し、惑星連邦とソーナ人が共同で密かに観察していたのだ。誤作動が起こったデータはホログラムを解除、隊員達を人質にしてしまった。エンタープライズ号艦長ピカードはバクーに駆けつけ、ソーナ人のルアフォ総統に破壊されようとしていたデータを何とか回収した。ピカードはデータ誤作動の原因を解明していくうちに、バクー人の惑星は不老不死をもたらす特殊な放射線に包まれており、ゾーナ人が連邦のダワティ提督と共謀してバクー人を強制移住させ、永遠の若さの秘密を手に入れようと企んでいたことがわかった。この計画を阻止すべく、ピカードたちは連邦に逆らってでもこの惑星を守ることを決意、ゾーナの巨大戦艦2隻と戦いを繰り広げる。
一等航海士のライカーとカウンセラーのトロイの結婚が決まり、トロイの故郷ベタゾイドで行われる祝宴に向かうピカード艦長とエンタープライズ号のクルーたち。途中、ある惑星でデータそっくりの不審なアンドロイドを発見。原因不明のまま、ひとまず航行を続けていたエンタープライズに、今度は艦隊司令部のジェーンウェイ提督から長年対立関係にあったロミュランに向かうよう緊急指令が入る。ロミュランに政変が起り、新執政官シンゾンから講和を結びたいとの申し入れがあったというのだ。急ぎ、エンタープライズはロミュランに進路をとるのだった。
郊外の工場跡地に建つ巨大集合住宅。 最近では、女子高生の変死体が発見され、不可解な心霊現象が目撃されるなど、いわくつきの噂が絶えない場所だった。 ここに引っ越してきた、気弱な女子大生りんは、ある夜、救急車で搬送される老婆の腕から大きな虫が飛び出るのを目撃する。 虫のことが気になったりんは図書室で調べる内、民俗学者の時世と出会い、過去にもこの地域で、奇妙な虫の目撃例が多発していたことを知る。 それは“心霊蟲（しんれいちゅう）”と呼ばれ、古来から人知れず存在していたという。 “虫”を見た者の中には、不気味な予兆と共に、変死を遂げた者も少なくないため、“虫の呪い”ともいわれた。 呪いの恐怖におびえる彼女は、不思議なオーラを放つ中学生、奈澄葉や、呪術師の斉恩らとの出会いを通して、自らも蟲や怪異の正体に迫っていく。 しかし、それはりん自身が、封印された過去と向き合うことを意味していた……。 果たして、りんを待ち受ける運命とは!? そして建物に隠された驚愕の真実とは!?
宇宙の中立地帯に浮かび、恒久平和が実現したはずの惑星ニンバス3で反乱が発生し、休暇中だったカークら乗組員たちは、USSエンタープライズでニンバス3へ急行する。反乱を率いるのはカリスマ的なバルカン人サイボックだが、彼はカークの部下スポックの異母兄弟だった。ニンバス3で反乱軍に負けたカークたちは敵にUSSエンタープライズの指揮権を奪われ、銀河の中心にある人類未踏の地“グレートバリア”に向かわされる。