Ambientada 400 anys en el futur, una plaga ha fet desaparèixer la majoria de la població, excepte una ciutat protegida per murs, Bregna, governada per un congrés de científics. Aeon Flux (Charlize Theron) és la més important agent de grup rebel 'Monican', liderat per Handler, (Frances McDormand). Quan Aeon rep les ordres d'aniquilar el líder del congrés descobreix un món de secrets, que la porten a qüestionar-se de quin costat és realment.