500年後の未来。無法の宇宙には同盟による統一化の波が押し寄せようとしていた。同盟に反抗する退役軍人マルコムが船長を務めるセレニティー号は、必要とあらば強盗もいとわない何でも屋。個性豊かなクルーに混じり、乗客として医師のサイモンと妹リヴァーがいるが、実はこの兄妹は同盟からの逃亡者であり、リヴァーこそ同盟によって最強の戦闘兵器に改造されていた最終兵器だった。同盟の暗殺者による追跡に、対抗勢力である“リーヴァーズ”も絡み合い、熾烈な駆け引きを展開していく。

オレンジ諸島の旅を続けるサトシたちの船が突然の嵐で流され、アーシア島に漂流する。お祭りで賑わうその島で、サトシは島の少女・フルーラに祭りの行事である"すぐれたあやつり人"の役目をおわされた。その頃、世界中の珍しい物を集める謎のコレクター、ジラルダンが、海の神と呼ばれる幻のポケモン、ルギアを手に入れようと画策していた・・・

アルビン、サイモンとセオドアが帰ってきた! マネージャーのデイブと3匹が今回音楽コンテスト出場をかけて挑戦するのは、シマリス3姉妹"ザ・しまペッツ"。

国際救助隊のトレーシー一家が活躍する2065年。末っ子アランは兄たちのようにサンダーバードの一員にと願うが、父から許可の降りない毎日を送っていた。そんなある日、兄たちがいない間に一家の島が何者かに乗っ取られる。