17世紀、海賊たちが大海原を荒らしまわっていた遥かなる時代。カリブ海の港町ポートロイヤル。美しい総督の娘エリザベスはかつて海上で助けた少年ウィルが身につけていた黄金のメダルを手に入れ、今も密かに保管していた。そんなある日、突然ブラックパール号に乗ったキャプテン・バルボッサ率いる冷酷な海賊たちが町に現われ、エリザベスがさらわれてしまう。海賊の目的は、彼女がその時身につけていた例のメダルだった。一方、鍛冶屋で働く逞しい若者へと成長したウィルは、幽閉されていた元ブラックパール号船長で一匹狼の海賊ジャック・スパロウと手を組み、エリザベスの救出に向かうのだが…。

町の誕生100周年記念祭に沸き立つ小さな港町アントニオ・ベイ。だが、突如現れた濃霧が街を覆い、それに呼応するように、殺害直後にもかかわらず遺体が腐敗するという謎の殺人事件が発生する。100年前に町を作り上げたとして称えられた4人の功労者は、契約のために訪れた富豪の乗った船を座礁させ、乗組員もろとも皆殺しにして船に積んであった多額の財産を奪っていたのだった。殺害された富豪たちは怨霊となり、100年の時を越えて霧とともに襲来し、4人の功労者の子孫たちへ復讐を開始したのであった。功労者の一人を曾祖父に持つ地元ラジオ局のDJ、スティービーは真相を知り、100年周年記念祭で惨事が起きることを防ぐため避難を呼びかけるが、霧は既に町の大半を覆い始めていた。

イギリス秘密情報部にボンドの番号007が刻まれた黄金の銃弾が届く。それは「黄金銃を持つ男」の異名を持つ素顔が分からない殺し屋フランシスコ・スカラマンガからの抹殺予告の様に見えた。自ら調査に乗り出したボンドはスカラマンガの銃から発射された黄金弾からマカオへ向かい、そこでスカラマンガの美しい愛人、アンドレア・アンダースと出会う。そのうち彼が別の作戦で探していた太陽光エネルギ変換装置「ソレックス・アジテーター」もスカラマンガが所有していることが判明。ソレックスを手に入れたボンドはそれを助手のメアリー・グッドナイトに預けるが、彼女はスカラマンガにさらわれてしまう。グッドナイトを追ってボンドは南シナ海の孤島へ向かう。

ドクター・イーブルの世界征服計画は、まだまだ健在だった。隕石を地球に誘導する「プレパレーションH」計画を進めるイーブルだが、オースティンによってあえなく計画は阻止される。ところが、イーブルの差し金で、オースティンのパパスパイ、ナイジェルが謎の悪党ゴールドメンバーにより1975年へ連れ去られてしまう。早速自分もタイムスリップしたオースティンは、パートナーのフォクシーと共にナイジェルを探し出し、ゴールドメンバーの正体を暴き出す。