主人公ジョニー・リコは、高校卒業後地球連邦軍に入隊して宇宙戦艦のパイロットを志望するカルメン・イバネスに憧れ、両親の反対を押し切って軍に入隊。優秀なカルメンは艦隊アカデミーへ、超能力者の友人・カールは情報部へ配属されるが、リコは機動歩兵隊へ配属され、訓練キャンプでしごかれる日々を送る。訓練中、自らの判断ミスにより同期一人を殉職させる事故を起こしたことで、一旦は軍隊をあきらめようとしたリコだったが、奇襲攻撃で故郷ブエノスアイレスが壊滅したため機動歩兵に復帰し、宇宙での戦いに加わる。
23世紀。カークらUSSエンタープライズの乗組員たちはスポックの故郷バルカン星で暮らすが、船を勝手に動かした責任を取る覚悟で地球に戻ろうと決心。同じころ地球に強力な電波を発信する異星の探査船が接近する。電波のせいで滅亡寸前になった地球だが、カークたちは探査船を送ったエイリアンの目的がザトウクジラだと気付く。エイリアンは太古から地球のザトウクジラと交信していたが、ザトウクジラは21世紀に絶滅していた。
23世紀。クリンゴン人のある資源衛星が事故により爆発し、同衛星では大気汚染が進み、あと何十年かで同惑星が壊滅する事実が判明する。惑星連邦は講和を申し入れてきたクリンゴン帝国の宰相ゴルコンに対し、カーク船長率いる宇宙船USSエンタープライズの護衛をつけるが、カークの部下スポックが講和を望む一方、かつて自分の息子をあるクリンゴン人に殺された過去があるカークは、講和という事態を受け入れるのに躊躇していた。
7月2日。何の前触れも無く世界中の上空に姿を現した直径24キロに及ぶ巨大UFO。混乱の中、元戦闘機のパイロットであるアメリカ大統領ホイットモア率いるアメリカ・サイドは、交流を求めるためUFOとの交信を試みる。が、UFOからの容赦ない攻撃が開始され…
宇宙バイパス建設のために、ある日突然、地球は破壊されてしまう。宇宙人に救出され、最後の地球人となってしまったのは、ごく平凡な英国男性のアーサー・デント。宇宙でのサバイバル術を銀河系最大のベストセラー「銀河ヒッチハイク・ガイド」で学び、生き残りをかけて宇宙をさまよう。＜伝説的SF小説「銀河ヒッチハイク・ガイド」を、原作の世界観をそのままに、空前のスケールと大胆なビジュアル・センスで完全映画化した作品。監督は、ミュージック・ビデオとコマーシャルの分野で活躍するガース・ジェニングス。脚本は、2001年に他界した原作者ダグラス・アダムス自身が執筆した幻の遺稿を採用。オリジナリティに満ちたSFエンターテインメントの傑作。＞
USSエンタープライズのカーク船長に恨みを持つカーンのせいで、カークの仲間スポックは命を落とし、遺体はジェネシス装置によって生まれ変わった惑星ジェネシスに葬られた。実はスポックは死の間際、自己の魂（カトラ）を仲間のマッコイの脳に移していた。それに気付いたカークはマッコイらとジェネシスに向かう。惑星には先にカークの息子デビッドのチームが到着するが、地球を含む惑星連邦と敵対するクリンゴン人に襲われる。
時は２３世紀。処女航海中のＢ型エンタープライズ号に救難信号が入り、かつてのエンタープライズの艦長、カーク提督の助力を得て、救助活動を開始。ところがアクシデントにより、艦の一部が消滅してしまう。７８年後、ピカード率いる最新鋭エンタープライズは救難信号を受け、現場に急行。そこで彼らが救出したのは、７８年前の事故の生存者ソランだった。ピカードは事故の調査を開始するが、突然クリンゴン帝国の攻撃船が現れる。
惑星LV-426のエイリアン殲滅後、生き残った者達は冷凍睡眠につき、宇宙船スラコ号で地球に向かっていたが謎の事故を起こす。スラコ号から切り離された脱出艇はフィオリーナ161（通称フューリー）で回収されたが、ヒックスやニュートは着陸の際に死亡、ビショップも機能を停止していた。この漂着先は流刑の星で凶悪な囚人達が戒律の元で自活的な生活をおくり、放射性廃棄物を収める鉛のコンテナを作る作業をしていた。唯一の女性であるリプリーの出現で惑星の秩序は一時乱れるが囚人頭であるディロンが事態を収拾する。そんな時、脱出艇に潜んでいたエイリアンが活動を始める。
前作の舞台、フューリー宇宙刑務所においてリプリーは、エイリアン・クイーンを体内に宿したまま溶鉱炉に身を投じ、永きに渡るエイリアンとの戦いに幕を下ろした。しかしそれから200年後、リプリーは軍の実験宇宙船「オーリガ」で、フューリーに残されていた血液から科学者らの手によりクローンとして再生される。その目的は、リプリーの体内に残されたエイリアン・クイーンの摘出であり、エイリアンを繁殖させて軍事兵器として利用することであった。
2050年。地球は環境汚染によって破壊され、人類の希望は新天地・火星に委ねられていた。だが大量の藻を送り込み、酸素を発生させるという火星地球化計画はデータ送信の不通という結果となった。原因を調査すべく科学者グループが火星に向かったが、太陽フレアの影響で宇宙船はダメージを受け、船長以外のクルーは着陸船で火星に降り立つことになってしまう。
宇宙の中立地帯に浮かび、恒久平和が実現したはずの惑星ニンバス3で反乱が発生し、休暇中だったカークら乗組員たちは、USSエンタープライズでニンバス3へ急行する。反乱を率いるのはカリスマ的なバルカン人サイボックだが、彼はカークの部下スポックの異母兄弟だった。ニンバス3で反乱軍に負けたカークたちは敵にUSSエンタープライズの指揮権を奪われ、銀河の中心にある人類未踏の地“グレートバリア”に向かわされる。
平和な惑星であるアキーアが、残忍なサドルの宇宙軍に征服される。シャドという若者が宇宙船で逃れ、アキーア開放のために勇敢な戦士を探し、戦いに挑む。
デアデビル対ブルズアイの戦いで命を落としたエレクトラは、スティックという盲目の武術の達人により復活を果たす。そして、激しい訓練の末に非情な暗殺者として生まれ変わり、マークという男とその１３歳になる娘アビーの暗殺指令を受ける。この父娘は闇の組織“ザ・ハンド”の元構成員で、組織から逃走中の身だった。だがエレクトラは、そうとは知らずにアビーと知り合い、深い友情を築いていた。そんな中、ザ・ハンドから５人の刺客が送り込まれ、エレクトラたちは窮地に追い込まれていく。
西暦2125年、太陽系外縁の開発に着手していた太陽系開発機構 (SSDO) は、エネルギー問題の解決と開発のシンボルとして、2140年の実現へ向けて「木星太陽化計画」（JS計画）を進めていた。その前線基地であるミネルヴァ基地で、計画主任・本田英二は長らく音信不通だった恋人マリアと再会を果たす。彼女は過激な環境保護団体「ジュピター教団」の破壊工作グループのメンバーとなっていた。英二は宇宙言語学者ミリセント・ウィレムに協力し、木星探査艇「JADE-III」で数万年前に太陽系を訪れた宇宙人の母船「ジュピターゴースト」の探査を行う。一方、英二の友人であるパイロット・キンと天文学者・井上を乗せて彗星源探査に向かっていた宇宙船「スペース・アロー」が謎の遭難を遂げる。計画責任者のマンスールの調査の末、原因はマイクロブラックホールとの接触によるものであり、しかも太陽に衝突するコースをとっている事が判明する。