Een jaar na het legendarische gevecht tussen Godzilla en Mechagodzilla, worden de twee monsters gedwongen om samen met Mothra een ultieme titanenstrijd aan te gaan, waarbij slechts één monster kan winnen. De inwoners van Tokio hopen dat ze na deze strijd eens en voor altijd van de monsters verlost zullen zijn.
Nu Dom en Letty op huwelijksreis zijn, Brian en Mia met vervroegd pensioen zijn gegaan en de rest van de crew vrijgesproken is, lijken de leden van het team normale levens te leiden. Maar als een mysterieuze vrouw Dom verleidt om terug te keren naar het misdaadleven....
Nadat inspecteur Zenigata is overgeplaatst uit de Lupin-zaak en moedeloos wordt, besluit meesterdief Lupin de Derde hem te helpen zijn oude baan terug te krijgen, waarbij hij samenwerkt met de oude man om de internationale wapensmokkelaars Shot Shell te vernietigen. Samen met Lupins oude partners in crime stelen ze een Russische nucleaire onderzeeër en roepen ze de hulp in van een kernfysicus genaamd Karen, die Lupins partner Jigen argwanend in de gaten houdt. Als dat nog niet genoeg is, is de opvolger van Zenigata voor Interpol een huurmoordenaar die de Lupin-bende één voor één wil uitschakelen.
Terwijl de WO II op zijn einde loopt, neemt de Duitse onrust in het Britse krijgsgevangenenkamp McKenzie toe. De legerleiding stuurt een stugge Ier. Die botst al snel met de gevangen U-boot kapitein, komt een grote uitbraakpoging op het spoor en neemt het grootste risico uit zijn carrière.
Duke E. Gifford is luitenant-commandant op onderzeeër Thunderfish. Hun missie tijdens WO II is het evacueren van kinderen in vijandige gebieden. Ondertussen is hij ook verwikkeld in een privé-zaak.
Tweede Wereldoorlog, 1941, in Canada: een groep nazi-saboteurs stapt uit een onderzeeër, maar wordt al snel gedecimeerd door een lawine. Kolonel Keller, leider van de groep, is de enige overlevende. Gewond wordt hij verzorgd door twee politieagenten te paard, Steve Wagner en Jim Austen, die besluiten hem uit te leveren aan de autoriteiten...
Een Japanse kapitein krijgt tijdens de Tweede Wereldoorlog de opdracht om zijn land te beschermen tegen een mogelijke derde aanval met atoomwapens. Daarvoor krijgt hij van de regering het commando over de meest geavanceerde duikboot uit de geschiedenis: de Lorelei. De duikboot heeft een geheim wapen aan boord waarmee de vijand in een klap kan worden uitgeschakeld.
Een Amerikaanse nucleaire onderzeeër stuit tijdens een verkenningsmissie in de Stille Oceaan op een mysterieus wezen. Volgens de sonar van de duikboot gaat het om een zeedier van enorme omvang. Commandant Pete Mathews neemt het zekere voor het onzekere en brengt zijn manschappen zo snel mogelijk in veiligheid. Bij hun aankomst in Pearl Harbor wordt weefsel van het dier, dat verstrikt raakte in de schroef van het schip, nauwkeurig onderzocht door experts. Die besluiten unaniem dat de onderzeeër aangevallen werd door een gigantische octopus.
Terwijl de politieke onrust in het kleine landje Hetvia blijft voortduren, heeft graaf Dakaar zich samen met de intellectuele en onderzoekselite teruggetrokken op zijn eiland voor de kust. Wanneer als gevolg van vulkanische activiteit daar een skelet van een onbekende levensvorm in de zee wordt gevonden, gaat hij verder met de bouw van de eerste onderzeeërs die geschikt zijn voor diepzee. Tegelijkertijd werpt zijn vriend Baron Falon de bestaande koning omver en probeert vervolgens het mysterieuze eiland in handen te krijgen. Hij laat ze bestormen en laat Dakkar met de eerste testboot naar de bodem van de zee zinken. Maar Dakaars dochter Sonia weet uit haar gevangenschap te ontsnappen en met helpers de tweede boot te bestormen, maar dit leidt er alleen maar toe dat zij en Falon op de bodem van de zee stranden - en daar moeten ze ontdekken dat het onbekende ras van zeedieren nog steeds bestaat. , omdat ze vlak voor hun onderwaterstad staan...
Een kleine meteoor slaat neer in de zon, wat desastreuze gevolgen heeft voor de temperatuur op Aarde. Los Angeles wordt, net als de rest van de wereld, bedekt met een laag ijs en sneeuw. De regering valt en de noodtoestand wordt afgekondigd. Samen met een groepje overlevenden vertrekt agent Robert Drake richting Long Beach Harbor om daar samen met natuurkundige Dr. Kistler te vluchten met een schip van de regering. Hun doel is Guam, het enige gebied op Aarde waar het nog warm en zonnig is.
Wanneer de onderzeeër Siren 1 vergaat, krijgt Wick Hayes, de ontwerper, onterecht de schuld in zijn schoenen geschoven. Hij wordt opgetrommeld om met een team op onderzoek te gaan in de Siren 2, om uit te vinden wat er gebeurd is, maar wanneer ze het signaal van de zwarte doos van de Siren 1 naar de diepzee volgen, vinden ze een geheim onderzoekslab waar iets gruwelijk misgegaan is.
Met behulp van een futuristische onderzeeër ontvoeren piraten een jong stel, torpederen een passagiersschip, reizen onder zee om edelmetaal te redden en ontsnappen vervolgens door de lucht in te gaan.
De Amerikaanse atoomonderzeeër Portland zet koers naar de Noordelijke IJszee met een kleine duikboot, Marvyn, aan boord. Terwijl een team van drie wetenschappers met de Marvyn metingen uitvoert onder de ijskap, krijgt de Portland een aanvaring en komt tot zinken. Aan de Marvyn nu de taak om de Portland te herstellen en terug aan de oppervlakte te krijgen voordat deze door de zuurstof heen is.