“あの光の中に、行ってみたかった”。高1の夏に離島から家出し、東京にやって来た帆高。だが生活はすぐに困窮し、孤独な日々の果てにようやく見つけた仕事は、怪しげなオカルト雑誌のライター業だった。彼のこれからを示唆するかのように、連日降り続ける雨。そんな中、雑踏ひしめく都会の片隅で、帆高はひとりの少女と出会う。ある事情を抱え、弟と2人で明るくたくましく暮らすその少女・陽菜。彼女には不思議な能力があった。

90年代のある日、小さなパン屋で偶然の出会いを果たした女子学生と無口な青年。それは、寄せては返す波のような、長く切ないすれ違いの恋の始まりだった。

独身者であれば身柄を確保され、とあるホテルへと送られる世界。そこでパートナーを45日以内に見つけなければ、自身が選んだ動物に姿を変えられて森に放たれてしまう。そのホテルにシングルになったデヴィッド（コリン・ファレル）が送られ、パートナー探しを強いられることに。期限となる45日目が迫る中、彼はホテルに充満する狂気に耐え切れず独身者たちが潜んでいる森へと逃げ込む。そこで心を奪われる相手に出会って恋に落ちるが、それは独身者たちが暮らす森ではタブーだった。

60年代後半の東京。高校生のみすず（宮崎あおい）は、小さい頃から孤独だった。級友たちは決して笑わない彼女を遠巻きに見ていて、家に帰っても家に帰っても引き取られた叔母家族とは口もきかない。みすずの母親は幼い頃、兄を連れていなくなったきりだった。ある放課後、みすずは新宿の繁華街にあるジャズ喫茶Bに足を踏み入れる。数日前、母が家を出てから会うことのなかった兄が突然現われ、手渡したマッチがこの店のものだったのだ。店中に響き渡るジャズと、それに酔いしれる客たち。おそるおそる店内に進むと、フロアの奥に彼らはいた。女にもてて人望も厚い兄の亮（宮崎将）、亮を慕うアングラ劇団の看板女優ユカ、作家志望で積極的にデモに参加している浪人生のタケシ、ケンカっぱやい肉体派のテツ、お調子者でムードメイカーのヤス。そして、他とは違う雰囲気でひとりランボーの詩集を読む東大生の岸（小出恵介）。彼らの仲間に加わったみすずの生活は、少しずつ変化してゆく。学校や家にいるよりもＢで過ごす時間が多くなり、生まれて初めて味わう“仲間”という温かい感覚に、笑顔が増えてゆく。いつの間にかみすずにとって、Ｂはかけがえのない場所になりつつあった。ある日、岸はみすずに驚くべき計画を持ちかける。それは、国家権力に知力で挑戦する現金輸送車強奪計画だった。突拍子もない申し出に言葉を失うみすず。しかし、みすずは岸の役に立ちたい一心で、この壮大な計画にのめりこんでゆく。