2092年、化学の進歩で不死が可能となった世界で、118歳のニモは唯一の命に限りある人間だった。ニモは記憶をたどり昔のことを思い出す。かつて9歳の少年だったニモの人生は、母親について行くか父の元に残るかの選択によって決まったのだった。

幻夢コーポレーションにDr.パックマンを名乗る覆面を被った人物が率いる4人の白衣の一団が襲撃し、檀黎斗 / 仮面ライダーゲンムから、ガシャコンバグヴァイザーと4つのプロトガシャットを強奪する。 そしてその集団は警官隊を全滅させ逃走した。 眼魔との死闘を乗り越えて完全に生き返ることが出来た天空寺タケル / 仮面ライダーゴーストは平和な日々を過ごしていたが、突然街に正体不明のゲームウイルス（パックマンウイルス）が出現し、人々を襲う。タケルは月村アカリや山ノ内御成と共に「不可思議現象」の発生を受け、出動する。 そんな中、同じく仮野明日那 / ポッピーピポパポと共にパックマンウイルスの事件を探っていた宝生永夢 / 仮面ライダーエグゼイドとタケルは再会を果たすが、パックマンウイルスに感染した影響でタケルはゴーストドライバーを失う。また、高校生にして大人気ゲーム『ハテサテパズル』を開発した清宮東吾も、パックマンウイルスに感染する。