巨大な宇宙貨物船に侵入した一匹の異星生物の恐怖。地球への帰途についていた宇宙貨物船ノストロモ号は、謎の救難信号を受けて未知の惑星に降り立つ。そこには異星人の船があり、船内には無数の奇怪な卵が存在していた。卵から飛び出した奇妙な生物が顔に貼り付いた航宙士ケインを回収し、ノストロモ号は再び航海につくが、彼の体内にはすでに異星生物の幼体が産みつけられていたのだ。ケインの腹を突き破り姿を現したエイリアンは脱皮を繰り返し巨大に成長、一人また一人と乗組員を血祭りにあげていく……。

未来からの抹殺兵器ターミネーターを破壊し、近未来で恐ろしい戦争が起こる事を知ってしまったサラ・コナー。カイルとの子供ジョンは母親から常にその戦争の話や戦いへの備えの話を聞かされていた。サラは周囲から変人扱いされ精神病院へ収容されジョンは親戚の家で暮らしていた。ある日ジョンの前に執拗にジョンを狙う不審な警官が現る。軌道を逸した警官の行動は明らかにジョンを殺害しようとしていた。殺されるその寸前、見知らぬ屈強な男が現れジョンを救う。彼は自らをターミネーターでありジョンを守るべく再プログラムされ未来から送り込まれたと告げる。ジョンは病院の母親を連れ出し、最終戦争を起こす原因であるコンピューターシステム「スカイネット」を破壊するため、ターミネーターと共にサイバーダイン社へ向かうが・・・

科学の飛躍的な発展の結果、労働者たちは地下に押しやられ、巨大な工場で家畜同然に管理されている一方、資本家たちは地上で享楽的生活を送っている。社長の息子は地下に降りて、彼らの悲惨な生活を知る。労働者の娘マリアは、労使間に人間的な絆が皆無であることを仲間に訴え、これがストライキの気運を生む。そこで社長はマリアを監禁、彼女そっくりの人造人間を作って事態収拾にあたるが、人造人間は狂い始める。

2019年、酸性雨が降りしきり、昼なお暗いロサンゼルス。かつて逃亡した人造人間「レプリカント」を処分することが任務の特捜刑事「ブレードランナー」であったデッカードは、引退していたが強引に復職させられ、殺人を犯して逃亡する4体のレプリカントを追う任務に就くことになる。ネクサス6という最新型である彼らは、一見しただけでは普通の人間と区別がつかない。デッカードはネクサス6型を製造するタイレル社へ行き、社長秘書レイチェルに対して警察のレプリカント識別テストを試してみる。

1988年、関東地区に新型爆弾が使用され、第3次世界大戦が勃発した――。2019年、ネオ東京。金田をリーダーとするバイクの一団は進入禁止の高速道を疾走していた。しかし、先頭にいた島鉄雄は突然視界に入った奇妙な小男をよけきれずに転倒、負傷する。小男と鉄雄は直ちに現れたアーミーのヘリに収容され飛び去ってしまった。翌日、鉄雄を捜す金田は、少女ケイと出会う。彼女は反政府ゲリラの一員で“アキラ”という存在を追っていた。その頃、鉄雄はアーミーのラボで強力なクスリを連続投与され、不思議な力を覚醒し始めていた…。

20世紀のどこかの国。情報省はテロの容疑者「タトル」を「バトル」と打ち間違えてしまい、無関係なバトル氏を無理やり連行していく。それを一部始終見ていた上の階に住むトラック運転手のジルが抗議をするも、全く相手にされない。 一方、情報局に勤めるサムは、このミスをなんとかするために試行錯誤していた。近頃サムは、夢の中でナイトの格好をして、美女を助け出すというおかしな夢を見ていたが、情報省に抗議に来ていたジルがその美女にそっくりだということに気づく。 ある日、サムが家に帰るとダクトが故障しており、非合法のダクト修理屋と名乗るタトルが勝手に直してしまう。サムはまた夢の中でサムライの怪物と戦い、美女を救う夢を見る。サムはジルの正体を知るために断っていた昇格を望み、友人であったジャックの元を訪ねる。そして、様々な事柄が複雑に絡まりあっていく。

1914年、ナイル河畔の地下の神殿で見つかった古代文字は火・水・土・風以外の“第5の要素”があると示す。2214年、ニューヨーク。久しぶりに地球を訪れたモンドシャワン人の宇宙船は、武器商人ゾーグとその手下マンガロワ人に撃墜される。宇宙船にあった細胞を再生すると、地球の言語が分からない美少女が生まれ、町に逃げ出す。彼女、リールーはタクシー運転手コーベンに救われ、彼女の言葉が分かる神父のもとへ向かう。

2035年、人類は謎のウイルスによって99％を失い、絶滅寸前に陥っていた。その原因を探るべく、受刑者のジェームズがタイムトラベルの実験台にされ、過去の世界へと送られる。手掛かりとなるのは“12モンキーズ”という謎めいた言葉だけ。まずウイルスが発生する6年前、1990年にたどり着いたジェームズだが、警察に逮捕され、心の病を治す施設に送られてしまう。彼はそこで、ジェフリーという男に出会う。

ゲームセンターを経営している元コンピュータ技師（ジェフ・ブリッジス）は、自分を首にした会社社長（デイヴィッド・ワーナー）の不正を暴くべく会社に潜入するが、そこで罠にかかってコンピュータ世界の中に閉じこめられてしまう。やがて彼は全プログラムが支配する兵士たちに追われながらも、不正の捜査を続けるプログラムと協力しあい、敵の陰謀を打ち砕いていく…。

地下都市に住む青年リンカーンは最近同じ夢を見続けるのが悩みであり、疑問でもある。彼が住む都市では、安定した暮らしと引き換えに住民はすべてを管理され、抽選で選ばれて地上最後の楽園“アイランド”に引っ越すことが理想とされた。やがてリンカーンは、ひょんなことから“アイランド”の真実を知ってしまう。リンカーンは、好意を抱いた女性ジョーダンが“アイランド”に行くのを阻止し、彼女と都市の外部へ脱出する。

21世紀初頭。全米No.1の巨大複合企業であり、アメリカでの家庭用医薬品シェア90%を誇るアンブレラ社。その裏の姿は、細菌兵器の開発などを行う「死の商人」であった。ある日、ラクーンシティにある秘密地下研究所で、研究中のT-ウイルスが何者かの手によって漏れ出し空調設備を通じて所員全員がT-ウイルスに感染した。ウイルスの漏えいを防ぐため施設の制御コンピュータ「レッド・クイーン」はハイブ内の各通路を封鎖し、500人を超える所員全員を死亡させて汚染を施設内に封じ込めた。この事故を知ったアンブレラ社は、事故の原因はレッド・クイーンの誤作動と判断しレッド・クイーンをシャットダウンするため特殊部隊を現地へ派遣する。

貨物港でクレーンのオペレーターを勤めるレイ・フェリエは離婚して一人暮らししていた。離婚した妻がボストンの実家を訪ねる間、妻が引き取った子供、ロビーとレイチェルを預かったが彼らと打ち解けられずにいた。ある日の朝、稲妻が数十回も町の同じ場所に落ちると町中が停電し不気味な雲に覆われる中、レイは野次馬たちとともに落雷場所を見にいくと地中から巨大な機械が出現しレーザー光線で次々に人々を殺害し町を破壊してゆく。

ミュータント人類と猿類との戦争は、地球の消滅で幕を閉じた。コーネリアスとジーラはその直前に宇宙船で脱出したが、たどり着いたのは1973年の地球であった。最初はサルを好意的に受け入れた米国社会だったが、地球の未来が「サルによる人間の支配」であることが判明し、動揺が広がる。人間達はコーネリアス達を疎むようになり、2匹は命を狙われ始める。

アンブレラ社の地下秘密研究所「ハイブ」でのバイオハザード発生から2日後、その真上にあるラクーンシティでは住民達がいつもと変わらぬ日常を送っていた。しかし、ハイブで起きた事件を調査すべく派遣されたアンブレラ社の社員が封鎖された地下入り口を開けると、高濃度のウイルス反応が検知され調査隊は内部から出てきたクリーチャーによって襲われてしまう。その結果、ウイルスによる汚染が街にまで蔓延し人々は次々と感染してゾンビ化、街中で人を襲い始めてアンデッド達が溢れ出し、壊滅状態になった。事件の隠蔽を図るアンブレラ社はラクーンシティを封鎖する。

コーネリアスの語ったとおり、疫病により犬や猫は死滅し、猿が第一位のペットとなった。1991年、日々深まるサルたちの奴隷としての扱い、コーネリアスの息子シーザーの養父も同然だった人間アルマンドの死をきっかけに、シーザーは反乱を決意。高度の知能とテレパシーを武器に猿たちのリーダーとなり、ついに反乱を起こす。

スカイネットを破壊、予見されていた最終戦争の日も過ぎたが、ジョンの心には母親から刷り込まれた戦争の話が無くなったとは思えず不安な毎日を過ごしていた。そんな中、未来より新たなターミネーターがジョンの仲間となる兵士達の抹殺のために送られてくる。新型ターミネーターT-Xは、ジョンを発見したことで、ジョン自身の殺害プログラムを優先し彼を追うが、たまたまいっしょにいた女性と共に別のターミネーターT-850に救われる。T-850は未来のジョンの妻ケイトによりリプログラムされ送られたのだった。ジョンとケイトは最終戦争開始の日である審判の日は回避することはできず、スカイネット自体も破壊を免れており起動を待ち軍事基地に現存している事を知らされる。スカイネット起動時間が迫るなか、ジョンとケイトは起動を阻止すべくT-850の指示のもと、アメリカ軍基地へ向かうが・・

禁断地帯を旅するテイラーとノバは、突如大きな地割れと炎に襲われテイラーは行方不明となってしまう。テイラーを追ってきたブレントの元にノバが現れ、ノバはテイラーの言付けに従い、ジーラに会うため町に案内する。ブレントはジーラ達の協力で禁断地帯へと向かうが、兵士に発見され地下に逃げ込んだ際、荒廃した地下鉄駅を見付け、未来の地球であることを知る。地下を進みニューヨークの廃墟にたどり着くと人類文明を破壊したコバルト爆弾を信仰し超能力を持つミュータント化した人類に出会う。

書物を読むことが禁じられた近未来の世界。幼い頃に両親を失ったモンターグは、自分を育ててくれたベイティ隊長のもと、書物を燃やすファイヤーマンとして日々を送っていた。ある日、これまでに見たこともないほどの本が隠されている家を発見してしまう。全ての本を燃やせと隊長から命令が下った直後、家と本の所有者である老婆が“オムニス（ＯＭＮＩＳ）”という謎の言葉を残して、本と共に焼身自殺を遂げる…。