カリスマ的な統率力を誇る猿のシーザーが、仲間を率いて人類への反乱を起こしてから10年後。遺伝子の進化、知能と言語の獲得により猿たちはさらに進化を遂げ、独自の文明を形成、森の奥に平和なコミュニティを築いていた。一方、10年前に自らが生み出したウイルスにより人類は90％が死に追いやられ、僅かな生存者グループは、荒廃した都市部の一角に身を潜め、希望なき日々を過ごしている。そんなある日、人間たちが資源を求めて森に足を踏み入れたことから、猿たちとの間に危うい緊張が走る。

インドネシアの山奥で過去最大と呼ばれる巨大金脈を発見し、 一攫千金の夢を成し遂げた探鉱者、ケニー・ウェルス。倒産寸前だった彼の会社はV字回復。 ウォール街の巨大投資銀行から全世界の金山を牛耳ってきた黄金王までがケニーの成功を賞賛し、 それを連日報じる全米のメディアは、彼を一躍スターへと押し上げた。 そんな中、報じられたのは衝撃のニュースだった。170億ドルの金塊が一夜にして消えた―。 「オレは何も知らない！」ケニーの主張も空しく、会社の株価は大暴落。 混乱の中、メディアや株主からの追求は激しさを増し、そして遂にFBIの捜査が始まった。 騙したのは、誰だ―。

パプア・ニューギニアの熱帯雨林の奥地に存在する、巨大な洞窟体系「エスペトリ・エサーラ」。地球上で最も大きく、美しく、近づきがたい、その場所は人が足を踏み入れてはいけない聖域であった。そんな洞窟の謎を解き明かそうと、大富豪の実業家カールのスポンサードを受け、経験と判断力を誇る冒険家フランク率いる探検隊が、ハイテク装備とダイビングを駆使した調査に挑む。

ユリと夫の千紘は、千紘の妹・九美の出産が間近に控えたことを受けて、インドネシアのバリ島にやって来る。千紘は心臓に重い病を抱え、心配する看護師のユリに対して怒りをぶつけてしまう。その場を後にしたユリは、声を掛けてきた木村と行ったナイトクラブで、ジゴロのワヤンと出会い…。